При ректорстве Александра Филипповича Кокоринова была осуществлена надлежащая организация академии, несмотря на то, что в том же 1763 году Ивана Ивановича Шувалова сменил на посту президента личный секретарь императрицы Иван Иванович Бецкой.
Но после смерти Кокоринова в 1772 году начался период определённого упадка. Казалось, что академическая деятельность тихо сходит на нет.
В 1802 году, при императоре Александре I, делались попытки поднять академию различными распоряжениями. Так предполагалось изменить систему преподавания наук, необходимых для образования художников. Кроме того, иначе организовывать поездки молодых художников за границу, завести при академии галерею, установить премии и ряд других мер. Но эти предположения не осуществились.
Экономическое положение изменилось лишь после причисления Академии художеств в 1812 году к министерству народного просвещения. Министерство изыскало средства для уплаты значительных долгов академии и на постройку новых зданий при академии. Однако на учебный процесс подготовки художников все эти изменения никак не повлияли.
С 1817 года президентом академии стал первый директор Императорской публичной библиотеки Алексей Николаевич Оленин. Но, занятый многими другими государственными и общественными делами, Алексей Николаевич лишь издал «Краткое историческое сведение о состоянии Императорской академии художеств с 1764–1829 г.».
Резкие изменения в жизни Академии художеств начались после передачи её в ведение министерства императорского двора.
Например, для пансионеров (стажёров), отправлявшихся за границу, в Риме было открыто попечительство. Были приняты новые правила выбора преподавателей.
В 1859 году, уже при Александре II, был принят новый Устав. Были организованы два отделения: по живописи и скульптуре, другое – архитектуры. Общие науки, на которые до тех пор обращалось немного внимания, заняли почётное место в обоих отделениях. Для архитекторов введено преподавание математики, физики и химии. Также было установлено три степени звания классных художников. Получивший первую золотую медаль приобретал вместе со званием классного художника 1-й степени чин Х класса и право быть посланным за границу.
В ноябре 1863 года случился так называемый бунт четырнадцати. Это были самые успешные ученики, допущенные к соревнованию за первую золотую медаль. И вот они-то и обратились в совет академии с просьбой заменить конкурсное задание. Вместо написания картины по заданному сюжету из скандинавской мифологии «Пир бога Одина в Валгале» они просили разрешить выбрать свободную