В 1986-1988 годах – начальник отдела внешнеторгового объединения "Продинторг". В 1988-1989 годах – начальник сектора ВНИИ прикладных автоматизированных систем Госкомитета СССР по вычислительной технике и информатике. В 1989-1991 годах – начальник отдела, заместитель генерального директора совместного предприятия "ЛогоВАЗ" – первого детища Бориса Березовского, при помощи которого он похитил у россиян сотни миллионов рублей под залог не выпущенных автомобилей «ВАЗ».
В 1991-1995 годах – заместитель генерального директора, генеральный директор Департамента АО "АвтоВАЗ". В 1996-1999 годах – первый заместитель генерального директора ОАО "Аэрофлот – Российские международные авиалинии" по экономике, финансам и коммерческой деятельности.
В 1999 года Генпрокуратура РФ возбудила уголовное дело о злоупотреблениях в бывшем руководстве "Аэрофлота". По данным следствия, в 1990-е годы российский бизнесмен Борис Березовский фактически создал в руководстве "Аэрофлота" свое "лобби", внедрив туда людей из подконтрольных ему структур. Среди них были первый заместитель гендиректора "Аэрофлота" Николай Глушков, заместитель гендиректора по коммерческим вопросам Александр Красненкер и другие. По мнению следователей, в сговоре с Березовским Глушков убедил тогдашнего главу "Аэрофлота" Евгения Шапошникова взять крупные валютные займы якобы для финансового оздоровления компании, а деньги на самом деле были похищены. Глушков был задержан и отправлен в СИЗО «Лефортово». Когда Н.Глушков был под арестом, бывший офицер КГБ Андрей Луговой возглавлял службу безопасности одного из телеканалов, принадлежавших Борису Березовскому. Видимо, по указанию олигарха Луговой пытался устроить побег Глушкову при переводе его из тюрьмы в больницу. Однако побег не удался, и А.Луговой был приговорен к 14 годам тюрьмы за организацию этого побега. Глушков, однако, всегда подозревал, что Луговой действовал по заказу ФСБ, и что в случае удачного побега его бы ждал еще более длительный тюремный срок. Через некоторое время Андрей Луговой при странных обстоятельствах оказался на свободе. Николай Глушков в 2004 году спросил у Лугового, почему он хотел организовать ему побег, было ли это заказом ФСБ, и откуда у него были деньги. Однако ответа на эти вопросы Н.Глушков так и не получил.
В марте 2004 года Савеловский суд оправдал Глушкова, для которого обвинение просило восемь лет заключения по статье 159 УК РФ (хищение путем мошенничества) и статье 174 УК РФ (легализация (отмывание) денежных средств, нажитых преступным путем). По более легким статьям – статья 193 УК РФ (о невозвращении средств из-за границы) и статья 201 УК РФ (злоупотреблении служебными полномочиями) – суд приговорил Глушкова к трем годам и трем месяцам заключения. Однако суд учел отбытые Глушковым годы в СИЗО и постановил освободить его в зале суда.
В 2010 году Николай Глушков получил политическое убежище в Великобритании.
3 марта 2017 года Савеловский районный суд Москвы заочно приговорил бывшего первого заместителя гендиректора по