Оттиски печатей ранней Хасмонейской эпохи
Персидский период ознаменовался существенными изменениями в дворцовом комплексе. С северо-запада к башне было пристроено высокое и массивное здание площадью ок. 600 кв. м. Сильно изменился и сад. Благодаря наличию в одном из искусственных прудов размером 7х7 м двух слоёв обмазки, сохранивших пыльцу растений, удалось установить состав сада в разные периоды. Оказалось, что в ранний период (с последней трети VII в. до н.э. по персидскую эпоху) сад включал только местную флору, а в персидскую эпоху он обогатился экзотическими для Иудеи растениями, привезёнными из далёких земель.
Местная флора в саду Рамат-Рахели персидской эпохи включала мирт (Myrtus communis), вербу (Salix), фиговое дерево (Ficus carica), тополь (Populus), маслину (Olea europea), виноград (Vitis vinifera) и водяную лилию (Nymphaea). Лилии росли в прудах, а водолюбивые мирт и верба должны были располагаться по их берегам.
Все упоминания мирта (евр. hadas) в Еврейской Библии приходятся на тексты персидской или послеперсидской эпохи. У Второ-Исайи Яхве обещает восстановление Израиля, которое ознаменуется водным изобилием: «посажу в пустыне кедр, ситтим и мирту и маслину» (Ис. 41, 19). Принадлежащая Третье-Исайе глава 55 также упоминает о водном изобилии (Ис. 55, 1, 10) и обещает: «вместо терновника вырастет кипарис; вместо крапивы возрастёт мирт» (Ис. 55, 13). Неемия призывает иудеев к строительству кущей для праздника: «пойдите на гору и несите ветви маслины садовой и ветви маслины дикой, и ветви миртовые и ветви пальмовые, и ветви широколиственных дерев, чтобы сделать кущи по написанному» (Неем. 8, 15). У Есфири было еврейское имя Гадасса (hadassa), т.е. «Мирт» (Есф. 2, 7).
Из экзотических растений главной сенсацией оказался цитрон (Citrus medica), который в еврейском языке называется словом иранского происхождения ’etrog (ср. фарси turunj). В Западную Азию и далее в Европу это растение попало из Персии (о чём свидетельствует и его латинское название, отсылающее к Мидии). Находка в Рамат-Рахели является древнейшим свидетельством присутствия цитрона в Леванте.
В еврейской традиции цитрон входит в состав связки из плода одного растения и ветвей трёх других растений, которой иудеи обязаны махать в дни праздника Кущей согласно предписанию Книги Левит: «В первый день возьмите себе плоды красивых дерев («eṣ hadar), ветви пальмовые и вайи дерев широколиственных («eṣ «aḇot) и верб речных, и веселитесь пред Яхве, богом вашим, семь дней» (Лев. 23, 40). В Талмуде «широколиственное дерево» отождествлено с миртом, а «красивое дерево» – с цитроном, но точное время такого отождествления не известно. Примечательно, что три из четырёх растений, упомянутых в Лев. 23, 40, определённо присутствовали в саду персидского наместника в Рамат-Рахели, что позволяет предположить, что обычаи праздника Кущей возникли в персидскую эпоху и под персидским влиянием.
Из других экзотических деревьев в саду имелись ливанский кедр (Cedrus libani), берёза (Betula