По Столбовскому миру 27 февраля 1617 года Ладога вернулась в состав России. Шведы ушли в марте 1617 года по последнему снегу, разрушив и опустошив город. Были уничтожены три каменные церкви XII века, взорвана каменная Ладожская крепость. Местная ладожская легенда рассказывает, что шведы ушли с обозом, составленным из нескольких возков на полозьях. Они увозили ценности ограбленных храмов города и окрестных монастырей: богослужебные книги, распятия, золотые и серебряные сосуды, драгоценные оклады икон, паникадила, шитые золотом облачения священников. Обоз сопровождал Яков Делагарди во главе отряда хорошо вооруженных и экипированных шведских рыцарей. Отряд направлялся в Выборг – один из самых богатых и хорошо укрепленных шведских городов. Оголодавшие к весне волки нападали на обоз. Во время пути пропали несколько шведских солдат, два сундука и серебро, упакованное в кожаный мешок. Через несколько месяцев останки исчезнувших солдат обнаружили на берегу реки Сясь – мощного потока, впадающего в Ладожское озеро. Видимо, солдаты отстали от обоза специально: хотели дождаться ледохода и вернуться прямо в Швецию с украденными ценностями, но не смогли их поделить и истребили друг друга. А украденные ими два сундука так и остались спрятанными. Может быть, они и сейчас находятся где-нибудь неподалеку от Старой Ладоги.
За захват русских территорий шведский король Густав-Адольф щедро вознаградил Якова Делагарди: военачальник получил земли в том месте, где впоследствии заложат Санкт -Петер бург.
После ухода шведов Ладожскую крепость восстановили, на башни подняли пушки.
К середине XVII века Ладожская крепость стала ветшать. В 1646 году царь Алексей Михайлович, отец Петра I, повелел: «…в каменном городе починить нужных мест… по каменному городу зарубить деревянные стены». Он заботился о приведении в порядок каменной стены Ладожской крепости. Значение стража границы России сохранялось за старой крепостью на протяжении всего XVII века – «от немецкого свейского рубежа город Ладога всего 30 верст…» (запись 1655 года).
Петр I, готовясь к Северной войне, соорудил в крепости пороховые погреба и склады оружия. После победоносной Северной войны (1700-1721) берега Невы и Ладожского