18 мая 2006 года по благословению Блаженнейшего Владимира, митрополита Киевского и всея Украины, с официального разрешения госструктур и с оформлением всех соответствующих документов наместником Свято-Покровского мужского монастыря «Голосеевская пустынь» архимандритом Исаакием (Андроником) с братией был совершен торжественный перенос мощей матушки Алипии с Лесного кладбища в Голосеевский монастырь. Матушка Алипия возратилась в свои родные места, где прошли годы ее усердных молений. Каждый холмик этих живописных мест был облагодатствован ее подвигами. Здесь она совершала свое бдение, возносила молитвы Богу, здесь она утешала, ободряла исстрадавшиеся сердца многих православных, обращающихся к ней за советом и помощью, здесь она многие годы была светильником и хранительницей святого места.
Незабываемое торжество переноса мощей Матушки началось в 3 часа 30 минут утра. В это время архимандрит Исаакий соборно начал совершение литии у могилы подвижницы, вместе со священнослужителями стояли приглашенные священнослужители, братия монастыря и почитатели Старицы. Темноту кладбища осветили множество зажженных свечей, которые держали в руках присутствующие. Торжественно и знаменательно звучали слова пасхального песнопения «Христос Воскресе из мертвых, смертию смерть поправ и сущим во гробех живот даровав!» Волнительны были эти последние минуты перед совершением столь великого события, благоговейный трепет и одновременно духовная радость охватывали сердца. Вскоре после совершения панихиды были установлены прожектора, освещающие могилу и аппаратура, с помощью которой были начаты работы по разрушению цоколя и арматурно-бетонного пояса вокруг могилы, которое было сделано осенью 2005 года для того, чтобы временно предохранить могилу от возможного повторного акта вандализма. Среди присутствующих находились представители, санитарно-эпидемиологической службы Киева и судмедэксперты, которые документально фиксировали факт законного обретения мощей. План ведения работ был тщательно разработан, были подготовлены соответствующие инструменты, аппаратура, осветительные приборы, дополнительные материалы. Работа шла быстро и слаженно. Ни на минуту не умолкали пасхальные песнопения. Вскоре цоколь и бетонный пояс были сняты, обломки были удалены и расчищен песок, после чего темп работ был снижен. У небольшого пространства вокруг края могилы склонились присутствующие и с замиранием сердца следили за тем, как спустившийся в могилу отец наместник архимандрит Исаакий бережно копает лопатой