В начале 1860-х годов Афанасий Прокопьевич Щапов, родившийся в Иркутской губернии в семье русского и бурятки, выдвинул свой проект децентрализации России. Каждой области следовало предоставить самоуправление посредством земских советов, а главным органом демократической федерации должен был стать земский собор. В эти же годы украинские интеллектуалы тоже разрабатывали идею превращения России в федерацию. Вдохновленные этими идеями Серафим Серафимович Шашков (учившийся у Щапова), Николай Михайлович Ядринцев, Григорий Николаевич Потанин и другие сибиряки, посещавшие Петербургский университет, сформулировали концепцию Сибири как колонии Европейской России, выступив за ее широкую автономию или даже независимость. Нераспространение на Сибирь земского самоуправления, введенного в части Европейской России в 1864 году, способствовало консолидации их взглядов. Подобно украинскому движению, сибирский «сепаратизм» в скором времени подвергся репрессиям: в 1868 году Ядринцев был приговорен к тюремному заключению, а Потанин отправлен на каторгу. Но сибирский регионализм (областничество) выжил, превратившись в подобие политической программы, подразумевавшей введение в Сибири земского самоуправления, создание здесь учреждений высшего образования, прекращение ссылки в Сибирь и предоставление региону экономической и правовой автономии. Кроме того, сибирские областники призывали уделить внимание проблемам коренного населения Сибири, а Владимир Ильич Иохельсон, Владимир Германович Богораз, Лев Яковлевич Штернберг, Бронислав Пилсудский и другие ссыльные встали у истоков сибирской этнографии[26].
Хотя открытие Томского университета в 1878 году можно интерпретировать как уступку сибирским интеллектуалам, высшее образование к востоку от Байкала появилось благодаря экспансионизму Петербурга. Владивостокский Восточный институт, основанный с целью укрепления влияния России в Восточной Азии путем обучения языкам и проведения научных исследований, в скором времени стал важнейшим центром востоковедения, в котором преподавали выдающиеся китаисты (Аполлинарий Васильевич Рудаков), японисты (Евгений Генрихович Спальвин), корееведы (Григорий Владимирович Подставин), а также монголоведы и тибетологи (Алексей Матвеевич Позднеев), в большинстве своем раньше работавшие в Петербургском университете. Многие из этих ученых представляли прогрессивное течение в имперской науке, выступая за погружение в языковые среды и привлекая носителей иностранных языков в качестве учителей, информантов и участников исследований. Бурят Гомбожаб Цыбиков, заведовавший кафедрой монгольской словесности во Владивостокском институте, стал одним из первых инородцев, занявших такую должность. Но существующие иерархии никуда не делись. Цыбен Жамцарано, Базар Барадин и другие выдающиеся бурятские ученые, несмотря на активное участие в полевых исследованиях и преподавании, не могли надеяться на аналогичные посты до 1917 года. Более того, даже ученые-прогрессисты