Сразу возник вопрос об «ответственном» перед Думой министерстве, что привело к немедленной конфронтации с царем, тем более что инициатор созыва Думы граф Витте был уже отправлен в отставку. Министром внутренних дел стал убежденный монархист и защитник дворянских привилегий П.А. Столыпин. Одновременно начались дискуссии по земельному вопросу. Кадетская аграрная программа предлагала отчуждение плохо используемых помещичьих земель за выкуп. Но правительство почувствовало силу и не шло на уступки, а думское большинство находилось между двух огней. За готовность к компромиссу оно подвергалось резкой критике со стороны «левых» публицистов. Пока царь колебался, Столыпин сам обвинил Думу в нежелании содействовать разрешению проблемы. И в ночь на 10 июля 1906 года Дума была распущена, а Столыпин сделан главой кабинета.
Народ и общество относительно спокойно встретили роспуск Думы, хотя на самом деле это была катастрофа. Путь свободного развития государства в демократическом духе был перекрыт. Как сказал лидер кадетов П. Милюков, «план людей, совершивших 9 июля, очевидно, рассчитан на низкую расценку общественной сознательности». Вторая Дума также была разогнана. Это был уже антиконституционный государственный переворот. Выбранная по другому избирательному закону III Дума была уже совершенно послушной царю и правительству.
Революция завершилась поражением, но события в деревне с ее «иллюминациями» показали, какие разрушительные силы скрывались за кажущимся спокойствием населения. Это потрясло и испугало большую часть интеллигенции. Иной была реакция Ленина, осознавшего, что только страшная сила крестьянского гнева способна изменить государственный строй России, и поставившего себе целью использование этой силы.
П.А. Столыпин многими воспринимался как спаситель государства от новой смуты. Его дальнейшая политика была направлена на поддержку дворянского сословия. Он прибегал к жестоким репрессиям против участников революции и покровительствовал крайним националистам, которые устраивали еврейские погромы. С другой стороны, им был задуман и частично осуществлен новый этап русской «революции сверху». Это был ряд правовых преобразований, которые открывали новые пути развития государства. Главным пунктом стала знаменитая реформа Столыпина, уничтожившая власть крестьянской общины. Крестьянин получил полное право самостоятельно вести единоличное хозяйство и распоряжаться принадлежащей ему землей. Этим решались две задачи: деревне открывался путь для развития