Багато нарікань викликало й поводження росіян в Україні. Так, українці скаржилися на князя Волконського, полтавського воєводу, – за зведення козаків до міщанського стану, за образи й побої. За свідченнями очевидців, досить часто російські службовці їздили по селах п'яними й збирали з місцевих мешканців хабарі. Старшину дратувало те, що царські воєводи розпоряджалися артилерією Війська Запорозького неначе власною.
Посварився з гетьманом і його колишній палкий прихильник Мефодій, єпископ Мстиславський й Оршанський, який у той час був управителем Київської митрополії, тобто головним православним архієреєм на Лівобережжі. Взагалі, Брюховецький, колишній слуга Богдана Хмельницького, вирізнявся серед інших провідників користолюбством, воювати не любив (за це на нього навіть писали доноси в Москву), але натомість буквально полював на відьом, – ходили чутки, що в його дружини трапився викидень саме через відьомські підступи. Гетьман страхався власних підданих, ще більше – правобережного суперника, Петра Дорошенка. Єдину поміч у боротьбі проти ворогів він бачив у Росії.
У січні 1667 р. було укладено Андрусівське перемир'я. Афанасій Ордин-Нащокін, найзначніший російський державний діяч тієї епохи, прагнув припинити війну, тому пішов на величезні поступки полякам – віддав їм усе Правобережжя й навіть погодився на те, щоб через два роки росіяни пішли з Києва. Запорожжя, згідно з угодою, підлягало спільному керуванню Москви та Варшави.
По всій Україні люди страшенно обурилися таким поворотом подій. Дем'ян Ігнатович (майбутній гетьман) навіть за володарювання росіян погрожував перейти разом зі своїми підлеглими в підданство до якого-небудь іншого монарха. Брюховецький, боячись повстання, знову просив у російського уряду, щоб київського митрополита призначав московський патріарх, і обвинувачував деяких підлеглих (наприклад, ніжинського полковника Матвія Гвинтовку) у зраді. Цікаво, що в присутності царського посланця колишній кошовий казав, що Січ серйозно загрожує миру в Україні. Це протистояння Гетьманщини та Запорожжя тривало і за Многогрішного, і за Самойловича, і за Мазепи.
У цей час російський уряд намагався умовляннями підкорити Правобережну Україну, з провідниками якої ворогував уже багато років. Перемир'я з Річчю Посполитою не призвело до закінчення бойових дій, бо Дорошенко, розправившись спочатку з проросійським суперником на Правобережжі, брацлавським полковником Василем Дроздом, у 1666 р. вийшов з-під польської протекції, за підтримки турків і татар почав проти Речі Посполитої відкриту війну і наприкінці того ж року оволодів майже всім Правобережжям.
Ця