В Харькове он начал активную творческую работу. Первым большим достижением молодого специалиста стало возведение здания Коммерческого училища, на которое был объявлен конкурс местным купечеством. Алексей Николаевич выиграл его, но вскоре получил тысячу возможностей и поводов пожалеть об этом. Реальное воплощение даже самого лучшего проекта в жизнь наталкивалось на самые разные чисто отечественные неурядицы и препоны. Алексей Бекетов сам решил руководить строительством (взяв в помощники студента Технологического института) – приходилось выбивать деньги у самих заказчиков, преодолевать бюрократические проволочки и административные барьеры. Не то чтобы кто-то лично не любил или завидовал Бекетову, но в этой стране любое дело имело все шансы провалиться – особенно, если речь идет о строительстве. Не верите – вспомните ближайшую к вам новостройку и вспомните, когда там все начиналось.
Архитектор стал прорабом. Так он и совмещал эти должности всю свою жизнь. В 1893 году Коммерческое училище было, наконец, достроено. Оно стало настоящим украшением Немецкой улицы (теперь Пушкинская) и всего Харькова. Сейчас в этом здании находится Национальная юридическая академия им. Ярослава Мудрого.
По уставу Петербургской академии художеств, после трехлетней практики архитектор мог взять тему проекта для получения научной степени академика архитектуры. Алексей Николаевич выбрал тему «Библиотека на полтора миллиона томов с галереей выдающихся людей и нумизматическим залом». В 1894 году проект был представлен комиссии, получил отличную оценку, что принесло Бекетову звание академика архитектуры и, соответственно, действительное членство в Академии художеств.
Тем временем в Харькове появились новые заказы. Быстро развивающиеся капиталистические отношения не обошли стороной крупный украинский город. Географическое расположение Харькова, торговые традиции, заработанное университетскими, театральными, литературными поколениями положение культурного и научного центра открывали перед городом большие перспективы в новом мире. Уже по всей Украине был известен предприниматель и меценат Алексей Кириллович Алчевский. Фундаментом его бизнеса стала деятельность финансовая. Харьков нуждался в современных банковских сооружениях, работать с деньгами надо было в новых помещениях. Эта задача и стала перед самым многообещающим и модным харьковским зодчим. Тем более что с семьей Алчевских его семья была очень близка. Одну из дочерей Алексея Алчевского – Анну – Алексей Бекетов даже взял в жены. Анна Алексеевна имела с мужем общие интересы, она была художницей. Бекетов и сам был неплохим пейзажистом, регулярно участвовал в выставках.
Итак, Бекетову была поставлена задача построить новое здание Земельного банка. Знания о строительстве