Он предвидел, что во время будущей войны, войскам предстоит преодолевать очень много водных преград и необходимость быстрого сооружения различных укреплений, поэтому заботился о Пионерных подразделениях (аналог сапёрных войск). 6 ноября принимается постановление: «О назначении в Пионерные роты рекрутов, хотя не так рослых, но молодых и расторопных, а преимущественно грамотных». Штат Пионерного батальона предусматривал; одну минёрную и три Пионерных рот.[17]
Летом 1810 года Барклай-де-Толли обратился к Александру I с докладом, в котором обосновал необходимость создания в Военном министерстве, секретного учреждения, специализирующегося на сборе, обработке и анализе разведывательной информации об иностранных армиях.[18] Получив согласие от императора, Барклай-де-Толли «учредил при посольствах России за границей службу военных атташе с дипломатическим иммунитетом. В Вене таковым был полковник барон Ф.Тейль фон Сераскеркен, в Берлине – подполковник Р.Е. Ренни, в Дрездене – майор В.А. Прендель, в Мюнхене – поручик П.Х. Грабе (будущий декабрист) и т. д. Барклай вменял им в обязанность добывать карты и планы военных операций, данные о численности, дислокации и перемещениях войск. «Употребляйте, – наставлял их Барклай, всевозможные старания к приисканию и доставлению ко мне сих редкостей какою бы то ни было ценою». Агенты доставляли Барклаю «редкости» чрезвычайной цены: Тейль – общую роспись австрийской армии, Ренни – прусской, Прендель – саксонской и польской, Грабе – баварской».[19] Новое учреждение получило название Особая канцелярия при военном министре. Это был первый орган военной разведки в России.
Военный историк Д. П. Бутурлин отмечает, что к июню 1812 г. российская армия была доведена до «400 тысяч человек регулярных войск, к коим должно еще присовокупить с лишком 70 тысяч человек гарнизона и более 100 тысяч нерегулярных войск». По его данным, «в российской армии состояло всего 498 батальонов и 409 эскадронов, не считая 97 гарнизонных батальонов. Внутренний состав дивизий также изменился: кавалерия, отделенная от пехоты, разделена была на две кирасирские, восемь кавалерийских и одну гвардейскую кавалерийскую дивизии. <…> Вся пехота разделена была на 27 дивизий, не считая лейб-гвардии, составившей отдельную дивизию». Всё это способствовало созданию «сильных резервов. Высочайшим указом от 16 сентября 1811 года предписан был рекрутский набор, по 4 человека с 500 душ мужеского пола. <…> Сей набор послужил к составлению многочисленных рекрутских депо, расположенных во внутренних губерниях, ближайших к тем, в коих собирались армии».[20] Н.А. Троицкий констатирует, что к февралю 1812 года, «вся наша регулярная военно-сухопутная сила, включая гарнизоны, инвалидов и рекрутские депо, простиралась до 600 т. человек. Почти половина их была расположена у западной границы, от Остзейских губерний до Волыни и Подолии».[21]
Созданное Барклаем «Учреждение для управления Большой действующей армии», заменившее устаревший