Инициатива приглашения В.И. Сафонова в Московскую консерваторию принадлежала П.И. Чайковскому. Василий Ильич всегда с уважением относился к великому композитору, что, в большой мере предопределило решение пианиста о переезде в Москву. Кроме того, преподавательскую деятельность он считал для себя более перспективной в музыкальном плане.
С осени 1885 года Сафонов стал профессором Московской консерватории и уже в первые годы работы проявил себя как талантливый педагог-музыкант, обладающий собственной системой педагогических методов. Культура звука, пластичность и «классицизм» исполнения были характерны для сафоновской фортепьянной школы. По воспоминаниям Е.Ф. Гнесиной: «Сафонов своих учеников воспитывал на «Песнях без слов» Мендельсона»[6]. Один из учеников Василия Ильича, известный музыкант Д.С. Шор, писал: «Сафонов не ограничивался обучением игре на фортепиано. Он обнаруживал огромное понимание значения искусства, глубоко и искренне любил его, умел ценить красоту всех эпох и времен и благодаря своей образованности раскрыл перед нами новые горизонты»[7].
Влияние В. Сафонова на обеих сестер Гнесиных было очень значительным, причем не только в формировании их фортепианного искусства, но и в общем культурном развитии, в выработке некоторых педагогических принципах, ставших в дальнейшем основой их деятельности.
В классе у профессора Сафонова Е. Гнесина познакомилась с Александром Скрябиным, который уже в те годы заявлял о себе как талантливый пианист и начинающий композитор. Он стал часто бывать дома у сестер, поддерживая дружеские отношения, особенно со старшей сестрой Евгенией. И на квартире Гнесиных прозвучали его первые композиторские работы.
Елена Гнесина перешла на третий курс, когда весной 1889 года В.И. Сафронов занял должность директора Московской консерватории. В этот период учебное заведение переживало не лучшие времена. И Василий Ильич, как человек умный, целеустремленный, энергичный, обладающий организаторскими способностями сумел создать новый облик Московской консерватории. Именно в годы его директорства был разработан и принят новый Устав консерватории; было увеличено количество студентов (около 400 человек); перестроено здание консерватории и построен новый концертный зал. Сафронов активно участвовал в реформировании образовательных стандартов учебного заведения.
Назначение на должность директора наложило на В.И. Сафонова ряд новых задач и обязанностей, и он был вынужден оставить у себя только четверых учеников, оканчивающих консерваторию, остальных передал другим педагогам.
Уйдя на административную работу, В.И. Сафонов, пригласил на своё место молодого талантливого музыканта, на которого