В университете проявился не только научный талант Пиксанова, но и его яркий социальный темперамент. Свидетельством тому стало его избрание председателем «Союзного совета дерптских объединенных землячеств и организаций», объединявшего студенческую молодежь разных политических убеждений. Союзный совет принимал активное участие в забастовочном движении, политических митингах и собраниях, издавал подпольную газету «Свободное слово», распространял произведения оппозиционных авторов, в том числе и трактат Л. Н. Толстого «Христианство и патриотизм». Все это не прошло мимо внимания местных стражей порядка. Пиксанов, отбыв пятимесячное тюремное заключение, был выслан на родину под гласный надзор полиции.
В конечном итоге любовь к филологии взяла верх над другими увлечениями. В 1906 году подающий надежды молодой исследователь поселяется в Петербурге, где активно трудится в изданиях, которые редактировал известный литературный критик и историк литературы С. А. Венгеров (1855 – 1920). Одновременно Пиксанов преподавал русскую литературу в ряде учебных заведений столицы. После сдачи в 1912 году магистерских экзаменов он был принят на должность приват-доцента Императорского Санкт-Петербургского университета. Впоследствии Пиксанов вёл преподавательскую работу во многих вузах страны, трудился в крупных научных центрах. Его перу принадлежат около 800 научных исследований и статей. В 1931 году Николай Кирьякович Пиксанов был избран членом-корреспондентов Академии наук СССР.
Примечателен такой важный штрих к биографии учёного: Пиксанов обладал уникальной библиотекой, которая была передана по его завещанию в Институт русской литературы (Пушкинский дом). Библиотека насчитывала свыше 15 тысяч книг, журналов, справочников, журнальных статей, рукописей. Своё книжное собрание учёный называл не иначе как моя «литературоведческая лаборатория». Подбор книг свидетельствует о широте научных интересов Пиксанова. Его влекло творчество М. В. Ломоносова, Н. А. Радищева, А. С. Пушкина, М. Ю. Лермонтова, И. А. Гончарова, И. С. Тургенева, А. Н. Островского,