Tutkimus luonnollinen säiliö viruskannan, joka aiheutti 2002-2004 SARS puhkeaminen on johtanut löytö monet SARS kaltainen bat coronaviruss, useimmat peräisin Rhinolophus suvun hevosenkenkä lepakoiden,ja kaksi virusnukleiinihappo sekvenssit löytyy näytteitä otettu Rhinolophus sinicus osoittavat yhdennäköisyyttä 80% SARS-CoV-2 .Kolmas virusnukleiinihappo sekvenssi Rhinolophus affinis, kerätään Yunnan maakunnassa ja nimetty RaTG13, on 96% yhdennäköisyys SARS-CoV-2.Bats pidetään todennäköisin luonnollinen säiliö SARS-CoV-2, mutta erot bat coronavirus ja SARS-CoV-2 viittaavat siihen, että ihmiset olivat tartunnan kautta välivaiheen isäntä.
Vuonna 2019 julkaistussa metagenomiisessa tutkimuksessa kävi aiemmin ilmi , että SARS- CoV -viruskanta SARS-virusoli laajimmin jaettu coronavirus Sunda pangoliininäytteenjoukossa. 7. helmikuuta 2020 ilmoitettiin, että Guangzhoun tutkijat Guangzhou olivat löytäneet pangoliininäytteen, jossa oli virusnukleiinihapposekvenssi "99% identtinen" SARS-CoV-2:lle. [51] Vapautuessaan tulokset selvensivät, että "vasta löydetyn Pangolin-CoV: n S-proteiinin reseptorin sitova verkkotunnus on lähes identtinen 2019-nCoV: n kanssa, jossa on yksi aminohappoero." [52] Pangolineja suojellaan Kiinan lainsäädännön mukaisesti, mutta niiden salametsästys ja kaupankäynti perinteisessä kiinalaisessa lääketieteessä traditional Chinese medicine ovat edelleen yleisiä. [53][54] [53][54] [53][54] [5
Mikrobiologit ja geneetikot Texasissa ovat itsenäisesti löytäneet todisteita reassortment coronaviruses viittaa osallistumista pangolins alkuperästä SARS-CoV-2. [55] Kuitenkin pangolin coronavirusten tähän mennessä todettu olevan vain 92% niiden koko genomeista SARS-CoV-2: lla, mikä tekee niistä vähemmän samankaltaisia kuin RaTG13 SARS-CoV-2: lle. [56] Tämä ei riitä osoittamaan pangoliinia väliisännäksi; vertailussa sars-virus, joka oli vastuussa vuosien 2002–2004 taudinpurkauksesta, jakoi 99,8 prosenttia sen genomista tunnetulla sivetticoronaviruksella.
HEVOSENKENGÄN LEPAKOT ovat yksi todennäköisimmin luonnon altaat SARS-CoV-2
Fylogenetiikka ja taksonomia
SARS-CoV-2 kuuluu laajaan virusperheeseen, jota kutsutaan coronaviruksiksi. Se on positiivinen aistiyksisäikeinen RNA (+ssRNA)-virus. Muut coronavirukset voivat aiheuttaa sairauksia, jotka vaihtelevat flunssasta common cold vakavampiin sairauksiin, kuten Lähi-idän hengitystieoireyhtymään (MERS). Se on seitsemäs tunnettu coronavirus tartuttaa ihmisiä, kun 229E, NL63, OC43, HKU1, MERS-CoV, jaalkuperäinen SARS-CoVCoV. Mitä sinä teet?
Sars-CoV-2 on sarbecoviruksen (beeta-CoV-linjan B)jäsen sarbecoviruksen (beeta-CoV-linjan B) jäsen, kuten sars-kanta. [58][59] Sen RNA-sekvenssi on noin 30 000 pohjan RNA pituinen. SARS-CoV-2 on ainutlaatuinen tunnettujen beetacoronavirusten joukossa, kun se lisää moniemäksistä pilkkoutumiskohtaa, jonka tiedetään lisäävän patogeenisuutta ja tarttuvuutta muihin viruksiin. [60][61]
Riittävän määrän sekvensoituja genomejaon mahdollista rekonstruoida virusperheen mutaatiohistorian fylogeneettinen puu. 12. tammikuuta 2020 mennessä viisi SARS-CoV-2:n genomia oli eristetty Wuhanista ja kiinantaudinehkäisy- ja -ehkäisykeskus (CCDC) ja muut laitokset ilmoittivat niistä. [62] Genomien määrä kasvoi 42:aan 30 päivään tammikuuta 2020 mennessä. [63] Näiden näytteiden fylogeneettinen analyysi osoitti, että ne olivat "hyvin sukua enintään seitsemälle mutaatiolle suhteessa yhteiseen esi-isään",mikä viittaa siihen, että ensimmäinen ihmisen infektio tapahtui marras- tai joulukuussa 2019. [63] Maaliskuun 27 päivänä 2020 lähtien 1 495 sars-CoV-2-genomia, joista näytteet otettiin kuudella mantereella, olivat julkisesti saatavilla. Mitä sinä täällä teet?
Kansainvälinen virusten taksonomiakomitea (ICTV) ilmoitti 11 päivänä helmikuuta 2020, että olemassa olevien sääntöjen mukaan, jotka muodostavat coronavirusten hierarkkiset suhteet viiden säilyneen nukleiinihapposekvenssinperusteella, erotniin kutsutun 2019-nCoV:n ja vuoden 2003 SARS-taudin puhkeamisen viruskannan välillä conserved sequences eivät riitä erottamaan niitä viruslajeista. Siksi he tunnistivat 2019-nCoV:n vakavan akuutin hengitystieoireyhtymään liittyvän coronaviruksen kantana. . Mitä sinä teet?
|
|
|
| NCBI-genomin tunnus | MN908947 (mn908947) |
| Genomin koko | 29 903 emästä |
| Valmistumisvuosi | 2020 |
RAKENTEELLINEN BIOLOGIA
Jokainen SARS-CoV-2 virion on halkaisijaltaan noin 50–200 nanometriä. Kuten muillakin coronaviruilla, SARS-CoV-2: lla on neljä rakenteellista proteiinia, jotka tunnetaan nimellä S (piikki), E (kirjekuori), M (kalvo) ja N(nukleokapsid)proteiinit; N-proteiini pitää RNA-genomin ja S-, E- ja M-proteiinit yhdessä luovat viruskuoren viral envelope. [65] Piikkiproteiini, joka on kuvannut atomitasolla kryogeenisen elektronimikroskopialla,[66][67] onproteiini,joka on vastuussa viruksen kiinnittymisen ja sulakkeen liittämisestä isäntäsolun kalvoon.
––––––––
SARSR-COV-VIRIONIN rakenne
––––––––
SARS-COV-2 PIIKKIHOMOTRIME, jossa on yksi proteiinialayksikkö korostettuna; ACE2:n sitova verkkotunnus on magenta
Proteiinimallinnuskokeet viruksen piikkiproteiinilla viittaavat pian siihen, että SARS-CoV-2:lla on riittävä affiniteetti angiotensiinikonvertaasin 2 (ACE2) reseptoriin ihmisen soluissa, jotta niitä käytettäisiin solujen sisääntulonmekanismina.. [68] 22. tammikuuta 2020 mennessä ryhmä Kiinassa, joka työskentelee koko viruksen genomin kanssa, ja ryhmä Yhdysvalloissa käänteisgeenimenetelmiä käyttäen itsenäisesti ja kokeellisesti osoitti, että ACE2 voisi toimia SARS-CoV-2:n reseptorina. [69][70][71] Tutkimukset ovat osoittaneet, että SARS-CoV-2:lla on suurempi affiniteetti ihmisen ACE2:hen kuin alkuperäisellä SARS-viruskannalla. [66][72]