В среде баптистов была довольно большая группа недовольных столь явным попранием основного принципа – независимости церкви от государства. Ряд «инициативников» (А. Ф. Прокофьев, Г. К. Крючков, Г. П. Винс) в 60-е годы начинает активно настаивать на созыве съезда ВСХЕБ, на котором, по их мнению, должны были присутствовать и незарегистрированные общины баптистов. Руководство же Союза должно было предоставить отчет о своей деятельности, ответить на вопросы единоверцев. Естественно, в таком формате съезд был невозможен. Инициативники были подвергнуты жестоким гонениям. В 1964 г. был образован Совет родственников узников евангельских христиан-баптистов.
Баптисты-раскольники организовали свой независимый Совет евангельских христиан-баптистов (СХЕБ), который координировал работу неофициальных баптистских организаций. Члены Совета основали типографию «Христианин», издававшую религиозную литературу на многих языках народов СССР. Печатались периодические издания «Братский листок», «Вестник истины». Особенно широко баптисты независимого Совета вели пропаганду в Восточной Сибири и на Дальнем Востоке.
Там же они часто оказывались и по другим причинам. Руководители и члены Совета и близких ему общин регулярно оказывались на скамье подсудимых. Их обвиняли в антисоветской пропаганде, нарушении общественного порядка (например, если в поселке шла баптистская свадьба во дворе дома), занятии незаконными промыслами (речь шла о печатании книг). Основным приговором были 3 года лагерей.
Гонения привели к тому, что среди баптистов-раскольни-ков было очень мало людей с высшим образованием. Поэтому значительная их часть занималась неквалифицированным трудом. Зато среди этих сектантов была очень развита юридическая грамотность.
Совет евангельских христиан-баптистов вышел из подполья в 1988 г. Через четыре года его «старший брат» – ВСЕХБ был преобразован в Евро-Азиатскую Федерацию Союзов церквей евангельских христиан-баптистов, которая с тех пор осуществляет координацию всех местных союзов ЕХБ в СНГ. В Союз ЕХБ в России входит 1200 общин, объединяющих около 100 тысяч членов. В период между съездами представителей церквей руководящим органом является Совет старших пресвитеров. Есть у баптистов свои учебные заведения: Московская богословская семинария, Московский заочный библейский институт, Библейские школы в Иркутске, Уфе, Красноярске и др.
Союз издает газету «Христианское слово», журналы «Братский вестник» и «Христианин и время». Верующие союза опекают детские дома, лечебные заведения, дома престарелых и тюрьмы.
На автономных началах продолжает существовать и Совет Церквей ЕХБ. Он все еще отказывается от государственной регистрации,