Весной 1606 года в жизни Декарта произошло событие, которое во многом определило его дальнейшую судьбу: отец отправил его для учебы в иезуитский коллеж города Ла-Флеш провинции Анжу.
Коллеж Ла-Флеш принадлежал к числу учебных заведений, открытых в разных городах Франции католическим орденом иезуитов. Этот орден, снискавший в истории мрачную славу политическими интригами, пользовался в свое время покровительством короля Генриха IV. Изгнанные ранее из страны, иезуиты были призваны обратно и, опираясь на поддержку короля, стали играть значительную роль в жизни Франции. Особое внимание они уделяли организации просвещения, так как это давало возможность активно влиять на общественное сознание. Им удалось добиться несомненных успехов. Иезуитские коллежи вскоре заслужили европейскую славу постановкой обучения. Из стен этих учебных заведений, в которых молодежь получала первоклассное образование, вышли многие известные деятели науки и литературы Франции XVII века.
Коллежу в Ла-Флеш Генрих IV оказывал особое покровительство. Он отдал в его распоряжение свой дворец и выделял значительные средства на его перестройку. Король завещал после смерти захоронить свое сердце в часовне коллежа, что и было выполнено в 1610-м, когда воспитанник Рене Декарт проходил пятый год своего обучения.
Штат преподавателей в Ла-Флеш был подобран с большим вниманием, программа тщательно продумана. Поэтому Декарт имел основание впоследствии назвать учебное заведение, где провел восемь лет, одной из самых знаменитых школ Европы.
Ректор коллежа Э. Шарле, связанный с семьей Декарта отдаленным родством, оказывал мальчику большое внимание. Роль его как руководителя и друга была настолько велика, что много лет спустя, в 1645 году, Декарт обращался к нему со словами: «Вы, кто заменил мне отца в период моей юности».
В коллеже царил строгий распорядок дня, но Рене пользовался значительными привилегиями: из-за слабости здоровья и, главное, благодаря исключительным успехам в освоении учебного курса мальчик мог не присутствовать на утренних занятиях, обязательных для других. Последнее, как пишут биографы, укрепило его здоровье и породило прочно укоренившуюся привычку предаваться философским размышлениям по утрам, не поднимаясь с постели. Утренние часы навсегда остались для Декарта наиболее плодотворным рабочим временем.
Учебная программа первых пяти с половиной лет обучения в Ла-Флеш включала латынь и римскую литературу, греческий и, по-видимому, итальянский языки, историю, поэзию и риторику. Следующие три года предназначались для освоения курса философии. В этот курс входило несколько предметов: логика, физика, этика и метафизика. Важное место в программе занимала математика