Томаш смог поступить в Венский университет, где учился у философа и психолога Франца Брентано (его студентами в разные годы были Гуссерль и Зигмунд Фрейд). В 1879 году он написал диссертацию «Самоубийство как массовый социальный феномен современной цивилизации».
В начале 1880-х Масарик вместе с женой, американкой Шарлоттой Гарриг (ее фамилию он сделал частью своего полного имени), переезжает из Вены в Прагу, где в 1882 году получает место профессора в только что созданной чешской части Карло-Фердинандова (ныне просто Карлова) университета. Он ведет активную общественную жизнь, сотрудничает с несколькими журналами, несколько раз избирается в чешский сейм и имперский совет.
Интеллектуальную и политическую смелость Масарика прекрасно иллюстрируют два эпизода из его жизни.
Во-первых, он стал одним из главных разоблачителей двух исторических фальшивок: Краледворской и Зеленогорской рукописей. «Если коллеги Масарика, историки и лингвисты, выступали против “рукописей” в поисках научной правды, то участие в споре самого ТГМ обусловливалось мотивами прежде всего этическими, из коих следовали политические: “здание” чешского национального “проекта” не могло строиться на лжи <…> Поэтому, хотя собственно научный вклад Масарика в “разоблачение” “рукописей” был скромным, из всех противников их подлинности он защищал свои позиции наиболее яростно», – пишет филолог и историк Александр Бобраков-Тимошкин3.
Во-вторых, в 1899 году Масарик громко выступил по делу о «кровавом навете». Молодого еврейского бродягу Леопольда Хильснера обвинили в убийстве юной чешки. Она погибла в Песах, и на Хильснера обрушилось подозрение, что убийство было ритуальным. В конечном счете Хильснер был осужден (в ходе следствия на него повесили убийство еще одной молодой девушки) и приговорен к смерти. В 1901 году милостью Франца-Иосифа казнь заменили пожизненным заключением, а в 1918-м Хильснера амнистировал последний австрийский император Карл I, но реабилитирован он не был. Достижением Масарика стало лишь то, что в приговор не вошли обвинения в религиозных мотивах убийства, но публичная защита еврея обошлась ему дорого – в народе гулял злобный стишок: «Zasloužil bys, Masaryčku, jít s Hilsnerem na houpačku!» («Заслужил ты, Масарик, идти с Хильснером на виселицу»)4.
Уже осенью 1914 года Масарик уезжает за границу. Его ближайшим соратником становится его же ученик и будущий преемник на посту президента Эдвард Бенеш. После Карлова университета Бенеш учился во Франции и Германии, а в 1908 году защитил в Дижоне диссертацию на показательную тему «Австрийская проблема и чешский вопрос. Изучение политической борьбы славянских народов в Австрии», которую Карлов университет признать отказался. Тем не менее последние годы