Особенно жителей впечатлило то, что новый губернатор сразу начал наводить порядок, доказав, что печется о нуждах народных не только на словах: немедленно последовал ряд увольнений коррумпированных и бездеятельных чиновников на местах, что было воспринято в губернии с восторгом.
Однако спокойно заниматься развитием губернии Столыпину не удалось – атмосфера в империи постоянно накалялась. После начала Русско-японской войны ситуация становилась все более неуправляемой, что, разумеется, затронуло и Саратовскую губернию. Кстати, вскоре после начала войны, в марте 1904 года, Николай II посетил губернию и остался чрезвычайно доволен работой своего, пожалуй, самого энергичного губернатора. О состоявшейся встрече с императором Столыпин написал, что последний «был крайне ласков и разговорчив: говорил про губернию, про пробудившийся патриотизм». Также, по словам губернатора, Николай II «закончил уверенностью, что все в губернии пойдет хорошо». Подобный не слишком обоснованный оптимизм «хозяина земли Русской» не оправдался – дела в государстве в целом и в каждой ее губернии шли все хуже и хуже.
Революция все более становилась не устрашающим жупелом, а страшной, кровавой реальностью. Уже в 1904 году в Саратовской губернии начались серьезные революционные выступления, справиться с которыми при небольшом количестве войск в губернии было очень не просто. Столыпину все чаще приходилось выезжать на места самому. Как он писал жене уже в мае 1904 года: «Выезжаю в Аткарский уезд, где опять беспорядки. Думаю, что в один день покончу. Там крестьяне обыкновенно тихие и надеюсь обойтись без экзекуции. Скучно постоянно прерывать работу такими случаями». А вскоре губернатор радуется, что удалось все уладить «без порки»: «Сейчас вернулся из Аткарского уезда и все благополучно кончил. Вместо одного места пришлось поехать в два, т. к. накануне моего приезда крестьяне по соседству разобрали самовольно весь хлеб из хлебозапасного магазина. Везде удалось выяснить зачинщиков и восстановить порядок: я просто потерял голос от внушений сходам. Мои молодцы казачки сразу внушают известный трепет. Слава Богу, удалось обойтись арестами, без порки».
Но количество «таких случаев» только увеличивалось, несмотря на все предпринимаемые «молодцами казачками» меры.
Положение в империи все более усугублялось и особенно ухудшилось после убийства в апреле 1904 года фон Плеве, в лице которого революция имела наиболее сильного противника. Осознавая необходимость проведения реформ, министр внутренних дел никогда бы не позволил разговаривать с властью с позиции силы и диктовать ей ультиматумы. Для фон Плеве не было сомнения в том, что реформы не могут проводиться при отсутствии твердой власти – пришедший же ему на смену князь Святополк-Мирский считал, что власть сначала должна пойти навстречу либеральной оппозиции (возможно, учитывая догматическую ограниченность и нетерпимость последней, правильнее было бы назвать ее псевдолиберальной).