Вскоре вернулся из второго крымского похода В. В. Голицын. Манифест о наградах его участникам должны были утвердить цари, но Петр это сделал только после длительных уговоров. Когда же Василий Голицын пришел к царю, чтобы поблагодарить его за награды, то Петр не принял боярина. «Самодержица всея Руси» (или «благоверная царевна и великая княжна») – так приказала именовать себя Софья – пришла в ярость. Приближалась решающая схватка.
7 августа 1689 года в Москве пронесся слух, что «потешное» войско ночью придет из Преображенского, чтобы убить царя Ивана и царевен. По приказу Софьи закрыли все кремлевские ворота. В Кремле и на Лубянке расположилось более тысячи стрельцов. Активно агитировал стрельцов в поддержку Софьи начальник Стрелецкого приказа Федор Леонтьевич Шакловитый.
Переполохом в столице воспользовались сторонники Петра. Двое стрельцов поскакали в Преображенское. Они сообщили царю о якобы готовящемся против него походе. Поднятый с постели, плохо соображая со сна, что же происходит, испуганный до крайности, царь в одном белье бежал к ближайшему лесу, затем ускакал в Троицкий монастырь. Там Петр упал на постель и, весь в слезах, поведал архимандриту о страшной опасности, нависшей над ним. Царь просил укрыть его и защитить. (Позже кое-кто из современников, а затем и исследователей высказали мысль о том, что этот спектакль разыгран был по сценарию самого Петра. Возможно, это и правда, но испуг, дрожание и слезы юноши выглядели очень естественно.)
8 августа в монастырь явились молодая жена Петра, мать и сестра Наталья, потешные полки, стрельцы Сухарева полка и несколько преданных ему бояр.
Правительство Софьи на первых порах не придало значения этому происшествию. Шакловитый, узнав о побеге Петра, сказал только: «Вольно ему взбесяся, бегать!» Не подозревающая ни о чем Софья ходила на богомолье и нападать на брата не собиралась.
Между тем Петр развил кипучую деятельность. По его требованию к Троице потянулись солдатские и стрелецкие полки. Сюда прибыли патриарх, многие бояре и дворяне. Софья жаловалась своим сторонникам: «Послала я патриарха для того, чтобы с братом сойтись, а он, заехав к нему, да там и живет, а к Москве не едет». Поездка Софьи в монастырь ни к чему не привела: Петр ее не принял, а потребовал выдачи Шакловитого и его сторонников. Следствие и суд над заговорщиками оказались скорыми, хотя и под пытками они не подтвердили желание лишить жизни Петра. Четверых, в том числе Шакловитого и Сильвестра Медведева, осудили на смерть. Пятнадцать человек били кнутом (у троих из них отрезали язык) и сослали в Сибирь. Фаворита Софьи В. В. Голицына лишили боярства и сослали в далекий, глухой Пустозерск. 7 сентября был объявлен указ об исключении имени Софьи из царского титула: «Теперь, государь братец, – писал Петр брату Ивану, – настоит время нашим