Наполеон готовил экспедицию очень энергично, но в полной тайне. Строились корабли, солдат генерал отбирал чуть ли не поодиночке, в порты свозилось продовольствие, пушки, боеприпасы. Англичане были осведомлены о готовящемся морском походе, вот только не знали о конечной цели экспедиции. Наполеону удалось дезинформировать противника. Британский адмирал Нельсон решил, что целью французов является высадка в Ирландии, в связи с чем он занял Гибралтар и там ждал корабли врага.
19 мая 1798 года французский флот во главе с флагманом «Орион» вышел из Тулона и направился в противоположную от Гибралтара сторону. По дороге в Египет французы взяли Мальту, 30 июня корабли Наполеона причалили близ Александрии. Англичане лишь немного промахнулись. Дело в том, что Горацио Нельсон, узнав о том, что французы плывут в Египет, бросился вдогонку, но, обладая гораздо более быстроходными судами, прибыл в Александрию за двое суток до Наполеона. Увидев же, что и здесь противника нет, адмирал бросился в Турцию.
2 июля 1798 года вся французская армия была уже на берегу. Быстро взяв Александрию, войска начали продвигаться на юг. Египет в то время находился под формальным протекторатом Турции, но реальной властью над обездоленным большинством населения обладали представители военно-феодальной знати – беи-мамелюки, составлявшие и основу египетской армии – конницу. Наполеон сразу объявил, что он прибыл бороться не с турецким султаном, а против угнетателей египтян – мамелюков. Он приказал своим солдатам со всем уважением относиться к мусульманской религии, правильно понимая значение, которое имел среди арабов ислам.
Нельзя не заметить, что в армии Наполеона находилось немало ученых, специально привезенных для изучения истории Египта. (В своем знаменитом приказе Бонапарт при появлении мамелюков именно их приказывал помещать в середину каре вместе с ослами – это было свидетельством того, что он берег ученых, а не презирал.) Египтология, таким образом, получила мощный толчок к развитию. Например, вывезенный из Египта так называемый Розеттский камень послужил ключом к расшифровке египетской письменности. Были в армии и инженеры, занимавшиеся, в частности, изучением возможности постройки Суэцкого канала. Классическими стали санитарные меры французских врачей.
Долгое время Наполеону не удавалось настигнуть мамелюков. Они наскакивали на его армию и, после недолгой стычки, снова скрывались на лошадях за горизонтом. Наконец 21 июля 1798 года беи решились встретиться с французами в большом сражении. Очевидно, что это было