Если меры, упомянутые до сих пор, относятся к первому десятилетию после восстания, то реорганизация образовательной системы в полном объеме развернулась лишь после того, как в должность попечителя Варшавского учебного округа вступил в 1879 году Александр Апухтин. Он сделал русский языком преподавания и в начальных школах, за исключением только таких предметов, как Закон Божий и польская грамматика. Кроме того, новый попечитель поставил перед собой задачу укрепить в учебных заведениях позиции православия: под его эгидой были созданы многочисленные православные школьные часовни и молельни, а роль католических священников в религиозном образовании он старался всемерно снижать. Апухтин активно вмешивался и в подготовку собственно католического духовенства: в 80‐е годы он и в духовных семинариях сделал русский языком преподавания и обязательным предметом. Из-за открытой и агрессивной полонофобии Апухтина время его пребывания на посту попечителя Варшавского учебного округа, длившееся почти двадцать лет, поляки прозвали «апухтинской ночью»157. Это название обличало одновременно и хронический недостаток финансирования образовательного сектора. В долгосрочной перспективе пренебрежительное отношение к нему имело серьезные последствия: перепись населения 1897 года продемонстрировала высокий уровень неграмотности – 69,5% от общей численности населения Привислинского края158.
Агрессивность, с которой Апухтин в 80‐е годы воевал с католическим духовенством, не была чем-то новым: уже первые годы после Январского восстания характеризовались многочисленными репрессивными мерами против католической церкви. По мнению российских чиновников, духовенство наряду со шляхтой было подлинной движущей силой восстания. Сам Николай Милютин говорил о католическом монахе как о коварном мятежнике, который, «с крестом в одной руке и саблей в другой», затевает бунт, чтобы свергнуть российское правление159.
Государственные репрессии сильно ударили по католической церкви уже во время восстания 1863 года. Были произведены многочисленные аресты духовенства, ряд священников оказались приговорены к казни или ссылке. Часть монастырей была закрыта, а церковное имущество в огромных объемах конфисковывалось. Уже в ноябре 1864 года князь Черкасский как член Учредительного комитета взял на себя управление всеми делами, касавшимися католического духовенства160. В 1865 году высочайшим повелением католическая церковь в Царстве Польском и в западных губерниях получила новую административную внутреннюю структуру.