Следующим шагом в развитии мистического понятия церкви явилась идея ее непогрешимости: ошибаться могут отдельные христиане, церковь ошибаться не может. Эту идею выдвинул Тертуллиан (христианский теолог и писатель II – начала III вв.), который обосновывал ее тем, что церковь получила Святой Дух от самого Христа через апостолов, основавших христианские общины. Именно на рубеже II–III вв. начинают усиленно распространяться легенды об основании каждой крупной христианской общины непосредственно каким-либо учеником Иисуса; начинают создаваться списки руководителей этих общин, восходящие к апостолам. Ириней, епископ Лионский, в своей книге «Против ересей» говорит об основании христианской общины Рима Петром и Павлом. Так стала создаваться новая – церковная – традиция, отличная от древней традиции первых христианских проповедников.
Параллельно с абстрагированием понятия «церковь» происходило усиление власти клира внутри общин. Епископ получает единоличное право совершать обряд причащения, рукополагать остальных пресвитеров и дьяконов, представлять свою общину в сношениях с другими христианскими общинами. Возвышение епископа объясняется необходимостью преодолеть разброд, сосредоточить особый авторитет у одного лица, достичь единства. Но единства можно было добиться только при условии существования одной веры, одной церкви, одного порядка. Этот порядок, в соответствии с мистическим представлением о церкви, должен был соответствовать порядку небесному: один Бог – один епископ. По существу, это открывало возможность сосредоточить в руках епископа функции вероучителя, пророка, надзирателя. Истинность христианского учения теперь определялась не устной традицией и даже не писанием апостолов, а словом и решением епископа, на которого перешла «апостольская благодать».
Постепенно с распространением христианства увеличивается количество епископов. Епископ из главного города провинции занял как бы главенствующее положение над остальными. К началу IV в. выделились епископы Рима, Александрии, Антиохии, а затем и Константинополя. Они получили юрисдикцию над клириками больших округов, могли созывать поместные соборы. Таких епископов стали называть митрополитами (от греч. «человек из главного города», митрополии). Обычай называть римского епископа папой распространяется с V века. Параллельно с усложнением иерархии высших служителей церкви увеличивается и число различных низших ее чинов: появляются помощники дьяконов, чтецы, разнообразные служки. Церковь превращается в иерархическую многоступенчатую организацию, в которой низшие чины зависят от высших.
Внешним