В тот же год открылась и настоящая причина смерти отца Николая Ивановича. Кучер, возивший его в лес, явился к священнику и потребовал, чтобы был собран звоном народ: он на могиле барина объявит всю правду о его смерти. Так и было сделано. Кучер всенародно, припадая к могиле, находившейся близ церкви, возопил: «Барин, Иван Петрович, прости меня! А вы, православные христиане, знайте, что его убили не лошади, а мы, злодеи, и взяли у него деньги, а ими суд подкупили». Началось следствие, потом суд. Кучер обличил двух лакеев, которые, однако, от убийства упорно запирались, но не могли скрыть того, что грабили деньги и ими подкупали суд. К делу привлечен был и повар, но тот запирался и за неимением улик был оставлен в покое. Когда виновных стали допрашивать в суде, кучер говорил: «Сам барин виноват, что нас искусил; бывало, начнет всем отказывать, что Бога нет, что на том свете ничего не будет, что там люди боятся загробного наказания, а мы забрали себе в голову, то значит все можно делать». Убийцы были сосланы в Сибирь.
Окончив гимназический курс, Н. Костомаров в августе 1833 года, выдержав вступительные экзамены, поступил на словесное отделение Харьковского университета, где и продолжал учебу до августа 1836 года. Трехлетний срок обучения был тогда обычным для трех факультетов: этико-политического, словесного и физико-математического. Студенты медицинского факультета учились четыре года. По новому университетскому уставу 1835 года в организацию учебного процесса российских университетов (Московского, Казанского и Харьковского) были внесены изменения. Университеты имели три факультета: философский, юридический и медицинский, причем философский факультет состоял из двух отделений: историко-филологического и физико-математического, со своими деканами. Как главный курс студентам первого отделения философского факультета читалась всеобщая история и как дополнительный – студентам юридического факультета.
В то время Костомаров квартировал в доме профессора латинского языка п. И. Сокальского, что и предопределило интерес студента к языкам, особенно латинскому, французскому, итальянскому. Николай Иванович про этот период говорит так: «В первый год моего пребывания в университете я усиленно занялся изучением языков, особенно латыни, которую очень полюбил,