Коллеги Афанасия Ивановича способствовали тому, чтобы он был удостоен степени доктора богословия, и одновременно возбудили ходатайство перед Священным синодом о присвоении ему звания ординарного профессора. Оно было удовлетворено 8 февраля 1907 года. Понимая, что скоро умрет, Афанасий Иванович сделал все, чтобы с его уходом из жизни семья была обеспечена средствами к существованию. Он умер 14 марта 1907 года, и его семье была назначена пенсия в 3000 рублей в год, в общем, немалая по тем временам сумма.
После смерти мужа Варвара Михайловна осталась одна с семью детьми и вечными семейными хлопотами. «Мама, светлая королева», – писал Булгаков. Она уверенно управляла своим маленьким королевством, его материальной базой, его системами жизнеобеспечения, его образованием, культурой, нравственностью… Это была обожаемая и добрая королева, создающая вокруг себя доверительную и теплую атмосферу, надежная в трудные времена перемен. Одному Богу известно, чего это все ей стоило, какие силы были потрачены на то, чтобы королевство выжило, сохранилось, осталось независимым, развивалось дальше! Немногим более пятидесяти лет выделила ей судьба, но Варвара Михайловна успела сделать главное – вырастить детей.
Однако детство – это не только семья, но и гимназия, с новыми друзьями, интересами, успехами и разочарованиями. Юный Булгаков прошел приготовительный класс Киевской Второй гимназии и в августе 1901 года стал учиться в знаменитой Первой мужской Александровской гимназии.
Это была необычная гимназия, она имела особый статус. Император Александр I в свое время даровал ей широкие права, а в 1901 году министр народного просвещения генерал П. С. Ванновский привлек для работы в этой гимназии университетских преподавателей. Основные курсы в ней вели доценты и профессора университета и политехнического института.
Например, спецкурсы по философии, логике и психологии читал известный философ Г. И. Челпанов, учителем латинского языка был чех А. О. Поспишиль, издатель сочинений Платона, русский язык и словесность преподавал крестный отец Михаила Н. И. Петров, потом его сменил доктор Венского университета Ю. А. Яворский, крупный ученый-фольклорист, историю читал М. И. Тростянский, специалист по Гоголю, естествоведение (совершенно новый предмет, ранее никогда не преподававшийся в средней школе) вел профессор Добровлянский, преподававший в политехническом институте.
По уровню преподавания и составу учителей Александровская гимназия не уступала лучшим