Так, Россия взяла идею университета у Германии, но развитие немецких университетов прямо соотносится с раздробленностью Германии в XVIII – первой половине XIX в., а российская политическая система, напротив, всегда характеризовалась высоким уровнем централизации. Собственные прототипы научных учреждений в русском обществе не пережили эпохи становления нового типа государства при Петре и его преемниках, и перед российской политической системой не стояло никаких правил игры в сфере организации науки, которые были бы созданы не ею, а традицией. Поэтому в России при всех внешних чертах, роднящих ее с европейской наукой, ни Академия наук, ни университеты изначально не обладали собственной идентичностью и автономной от государства поддержкой со стороны общественного мнения. Можно сказать, что автономия науки всегда была даром правителя, который неспокойная российская действительность то и дело заставляла отнимать.
В первые годы власти большевиков начался эксперимент, проводимый под лозунгами отмены жестких норм и правил в науке и образовании, который породил разнообразие временных форм функционирования научных сообществ, но не был (и не мог быть) удачным: как потому, что научные кадры не имели никаких источников собственной поддержки, кроме государства, так и потому, что государство очень быстро стало исходить из необходимости тотального контроля за сознанием и воспитанием граждан. Поэтому в основных своих параметрах советская система науки воспроизвела и развила тот тип отношений, который сложился между ней и государством еще с петровских времен.
Не следует считать, однако, что здесь не было никаких существенных перемен. В любой научной системе есть ученые, чьи позиции, несмотря на их признанный талант, сильно расходятся с доминирующими в научной среде взглядами, и это служит источником конфликтов. Но в советский период, когда политическая и идеологическая лояльность стала важнейшим условием для научной карьеры, цена своеобразия для каждого конкретного ученого или научного направления резко возросла. И как вскоре выяснилось, для достижения лояльности недостаточно было просто быть марксистом (или заявить себя таковым), необходимо было также придерживаться правильного, не еретического понимания «единственно верного учения»3, уметь показать это верное понимание в собственных научных трудах (рискуя быть порицаемым