С мая 1918 г. и до конца жизни (1932) Покровский был первым заместителем наркома просвещения. Кроме общих вопросов, он отвечал за сферу науки и высшего образования. Он выдвинул программные тезисы, определившие государственную политику в этой сфере: введение бесплатного высшего образования, отмену дипломов как документального свидетельства привилегий (не требовались при поступлении в вузы и не выдавались по их окончании), уничтожение ученых степеней и званий и т.п. Предполагалось обязательное участие университетов в распространении научных знаний среди широких масс и ознакомление народа с переменами в общественно-политическом строе страны, а также создание факультетов общественных наук.
Покровский был одним из организаторов Социалистической (1918, с 1924 г. – Коммунистической) академии, Института красной профессуры (1921) и других учебных и научных учреждений. Он был заведующим Центрархивом (с 1920), первым ректором Института красной профессуры (с 1921), председателем Общества историков-марксистов (с 1925), возглавлял ряд других научно-образовательных и идеологических организаций. Кроме того, Покровский был редактором нескольких исторических журналов, членом Главной редакции Большой советской энциклопедии (БСЭ).
В 1919 г. Покровский организовал и возглавил Государственный ученый совет (ГУС) – руководящий методический орган Наркомпроса РСФСР, ведавший реализацией государственной политики в области науки, искусства, образования и социалистического воспитания. В 1921 г. ГУС был разделен на три секции: научно-политическую, научно-техническую и научно-педагогическую, в 1923 г. добавилась научно-художественная, а в начале 30-х гг. еще несколько секций. В 1933 г., после смерти Покровского, ГУС был упразднен в связи с реорганизацией Наркомпроса.
Покровский был инициатором создания рабочих факультетов (рабфаков), с его именем связано реформирование системы высшего образования, организация новых вузов и научных учреждений, налаживание архивного, музейного и библиотечного дела. В частности, под его началом были национализированы и систематизированы библиотечные, музейные и архивные фонды, издавались архивные материалы, введена новая орфография, приняты декреты об охране памятников культуры.
Одной из важнейших задач Покровский считал создание советской образованной интеллигенции, и ее решение он видел, с одной стороны, в создании благоприятных условий получения образования для лиц рабоче-крестьянского происхождения (подготовительные курсы, рабфаки и др.), а с другой – в вытеснении из научных и образовательных учреждений «старой» профессуры и ограничении приема в вузы «непролетарских элементов». Он последовательно проводил политику сокращения автономии университетов и урезания академических свобод.
Покровский создал предпосылки для установления в общественных науках монополии коммунистической