Детей у Феодоры и Юстиниана не было. Прокопий в своем трактате сообщает о ее сыне Иоанне, рожденном до брака и воспитанном в Аравии отцом. Когда взрослеющий Иоанн появился в Константинополе, чтобы вернуться к матери, та, испугавшись гнева Юстиниана, сделала так, что больше его никто не видел. Правда, историки упоминают и о дочери Феодоры, рожденной также до брака. Сын дочери Феодоры (то есть ее внук) приобрел при византийском дворе того времени высокое положение, что позволяет сделать предположение о том, что его происхождение императора не смущало.
Феодора правила государством 22 года наравне с Юстинианом: смещала и назначала высших должностных лиц в империи, оказывала влияние на законодательную и внешнеполитическую деятельность императора, занималась дипломатической перепиской, принимала иностранных послов и т.д.
В управлении империей произошло размежевание интересов: Юстиниан проводил общую политическую линию, а Феодора интересовалась ее деталями.
Влияние Феодоры не ослабевало вплоть до ее кончины. С влиянием Феодоры связывают принятие ряда законов, улучшавших положение женщин, а также суровых норм по отношению к гомосексуалистам, предусматривавших наказание в виде публичного оскопления.
В трудные минуты она проявляла редкое мужество и неукротимую энергию. Эти черты особенно ярко проявились во время восстания «Ника», когда в обстановке всеобщей паники она помешала бегству Юстиниана из Константинополя и тем самым, по мнению ряда исследователей, спасла трон. Для бывших куртизанок и проституток Феодора открыла монастырь на берегу Босфора (так называемый монастырь Раскаяния). По пристрастному мнению Прокопия, условия проживания там были настолько суровы, что многие женщины по ночам бросались с высоты, чтобы покончить с мучениями.
Феодора не только участвовала в религиозной борьбе, но и заботилась о распространении христианства. Так, епископ Иоанн Эфесский сообщает, что Феодора с радостью приняла предложение посланника александрийского патриарха монофизита Феодосия об обращении в христианство народа нобадов из Нубии.
Феодора скончалась в 548 г. и была похоронена со всеми императорскими почестями в церкви Двенадцати Апостолов в Константинополе. Юстиниан после смерти жены, давая торжественные обещания, клялся ее именем, которое он увековечил в названиях многих городов и провинций Византии и завоеванных территорий. В память о жене Юстиниан в монастыре Святой Екатерины на Синае в главной базилике, построенной по его указанию, приказал сделать надпись: «Упокоению блаженной памяти императрицы Феодоры».
После кончины Феодоры овдовевший Юстиниан остался верен ее памяти и не вступал в повторный брак.
532 – 537 гг.
Под руководством архитекторов Амфимия из Тралл и Исидора из Милета