Сейчас трудно сказать, то ли молодость и неопытность архитектора А. Жуковского, то ли иные факторы привели к катастрофе 1864 года, в результате которой рухнул внутрь главный купол церкви, погиб строитель и на много лет затормозились работы. Судя по тому, что специальная комиссия, хотя и признала Жуковского виновным в обрушении, не вынесла ему никакого серьезного взыскания – единого мнения о причинах катастрофы так и не было выработано.
Зато причину знали в народе: храм построен на костях. Дело в том, что новый каменный храм частично занял территорию бывшего кладбища и потревожил прах невинно убиенных жертв Тайной канцелярии. Утверждали даже, что во время строительства нашли остатки костей заключенного с кандалами. Среди жителей слободы пошел ропот, мол, «не будет у храма долгого века». По большому счету так и получилось.
Как бы там ни было, реставрацию поручили архитектору Р. Бернгарду. Он предложил свою собственную, к тому времени еще непроверенную конструкцию. Сумму на восстановление пожертвовал владелец ситценабивной фабрики купец Василий Леонтьев (уже упоминалось, что его внук в ХХ веке станет лауреатом Нобелевской премии по экономике), а также другие купцы, окормлявшиеся в церкви. Реставрация, как это часто водится, заняла в несколько раз больше времени, чем строительство самого храма, и была закончена лишь в 1870 году. Самый сложный момент архитектору пришлось пережить при снятии страхующих купол лесов. В случае неудачи Бернгард, отказавшийся покинуть помещение храма, рисковал быть заживо погребенным. Но все прошло удачно, и окончательно церковь Преображения Господня была восстановлена и освящена в июне 1874 года. За работу архитектор Р.Б. Бернгард удостоился ордена Св. князя Владимира III степени; Совет Академии наук присвоил ему звание профессора.
Лишь после окончания строительства каменного Колтовского Спаса, деревянную церковь, имевшую возраст 113 лет, разобрали. На возвышенности, сохранившейся на месте бывшей церкви, установили деревянный поклонный крест.
Открытый для прихожан новый каменный храм очень эффектно выглядел на фоне деревянных особняков и огородов Колтовской слободы: пять луковичных глав, четырехъярусная колокольня высотой 38 метров, ярко-голубая окраска купола… Если добавить к тому, что в отделке интерьеров использовался красный гранит, а пол был выложен мозаикой, картина станет полной.
Конечно, храм по-прежнему подвергался опасности наводнений, но уже не в такой степени, как прежде. Дело в том, что сразу за церковью, ближе к Малой Невке, разрастался завод, принадлежавший сначала купцу Сиверсу, затем изобретателю первого русского автомобиля Е. Яковлеву, а потом акционерному обществу «Вулкан».