Уже после ухода А.В. Суворова из Северной Италии в Швейцарию русские эскадры по-прежнему оставались в Средиземном море и продолжали содействовать сухопутным войскам Австрии и поддержанию «тишины и спокойствия» в Неаполе и Риме. Одновременно Ф.Ф. Ушаков готовился выполнить совместно с Г. Нельсоном одну из главных, как ему тогда представлялось, задач – овладеть островом Мальта и «посадить» там русские войска. Такая договоренность была между Англией и Россией, тем более, что последняя уже объявила остров своей территорией.
В конце 1799 года всё было готово, и русские эскадры отправились к Мальте. Однако, на пути к острову, в Мессине Ф.Ф. Ушаков получил рескрипт царя – возвращаться в Черное море. Пришлось отказаться от давней мечты – совместно с Г. Нельсоном овладеть крепостью Валлетта.
Возвращение было долгим. Пришлось собирать на Корфу все «отделённые эскадры», действующие в различных частях Средиземного моря, бороться за установление приемлемого политического режима на островах, ремонтировать корабли, накапливать провиант. Через некоторое время император начал менять свои взгляды и ставить новые задачи эскадрам. Однако положение их становилось все труднее и труднее. К середине 1800 года военный совет под руководством Ф.Ф. Ушакова окончательно решил – возвращаться в Россию. Несмотря на все сложности обратного пути, основные силы эскадр вернулась в Севастополь 26 октября 1800 года.
Как уже отмечалось, средиземноморские походы и одержанные победы, наряду с победами во второй русско-турецкой войне, стали прижизненными воинскими подвигами Ф.Ф. Ушакова и флота под его руководством. Что известно сегодня о тех героических средиземноморских кампаниях? Известно, что эскадра Ушакова (реально он руководил действиями не одной, а нескольких эскадр и значительным количеством сухопутных войск) взяла самую укрепленную крепость Корфу. Известно, что флотоводец проявил при этом тактическое искусство – штурмовал и взял крепости с моря, а не после длительной осады с моря и суши («Корабли штурмуют бастионы»). Специалистам известна хроника событий при овладении Ионическими островами. Но об остальных событиях той войны мы знаем крайне мало. Особенно это относится к событиям Итальянской кампании. В отличие от Итальянского похода А.В. Суворова, о котором с точностью до часов восстановлен каждый календарный день, каждый переход, каждое сражение. По Итальянской кампании Ф.Ф. Ушакова даже специалисты не восстановили до сих пор полную и правдивую хронику событий, не говоря уже об их анализе. Малоизвестными остаются оперативные решения, политические действия, дипломатические действия. Не полностью исследованы трудности и проблемы, которые пришлось преодолевать