Сражение при Фидониси, в которой молодой Черноморский корабельный флот, как считается, одержал первую победу над противником в открытом море, было выиграно благодаря блестящим действиям авангарда Ф.Ф. Ушакова.
По возвращению в базу между М.И. Войновичем и Ф.Ф. Ушаковым вспыхнул конфликт. Основной причиной стало то, что до М.И. Войновича дошли слухи, будто бы Ушаков в кругу офицеров дурно отзывался о поведении флагмана во время сражения. Позже историки обвиняли его также в том, что всю победу, командующий флотом, приписал себе (документами этот факт не подтверждается). В своём донесении Потёмкину он исказил ход сражения, обошёл вниманием действия авангарда эскадры (документами этот факт не подтверждается), не пожелал представить к наградам указанных Ушаковым командиров и других офицеров (это действительно так). Ушаков, узнав об этом, написал Потёмкину о том, что никогда не высказывался относительно поведения Войновича, всегда уважал и стремился выполнить все требования начальника, заслужить его благосклонность, которую не получает. Однако Ф.Ф. Ушаков указал, что реляция о сражении составлена «Реляцию его превосходительство соображал с одними свими мыслями, рапортом, поданным мною, был недоволен (как после из писем же его я узнал), число неприятельских кораблей, которые были в бою, написал не то, сколько их было», и т. д. Ф.Ф Ушаков попросил уволить его с военной службы по состоянию здоровья (Документы, док.41–43). Г.А. Потёмкин сумел разобраться в положении дел, помирить флагманов, объявив обоим «свою признательность» (Документы, т.1 док.45). Ф.Ф. Ушаков в августе за отличное руководство в сражении у о. Фидониси был награждён орденом Св. Георгия IV класса (М.И. Войнович – орденом Св. Георгия III класса).
Донесение Г.А. Потёмкиена императрице в Санкт-Петербург о победе при Фидониси доставлял флаг-офицер капитан-лейтенант Д.Н. Сенявин. За доставление радостного известия он получил из рук Екатерины II украшенную бриллиантами табакерку, с двумястами червонцами. По возвращении он был назначен генеральс-адьютантом (личным адьтантом) Г.А. Потёмкина. Понятно, Ф.Ф. Ушаков понимал, что все донесения Войновича готовил его шатаб-офицер, то, естественно, своё недовольство он распространял и на Д.Н. Сенявина. Этот конфликт будет долгим.
До поздней осени Севастопольский корабельный флот, авангардом которого продолжал командовать Ф.Ф. Ушаков, крейсировал у берегов Крыма, в готовности отразить нападение на Очаков турецкого флота, который 29 июля снова явился под Очаков в составе 15 кораблей, 10 фрегатов и более чем 40 других судов. Но кроме «готовности» Севастопольский корабельный флот пока ничего не мог сделать. М.И. Войнович считал, что его сил недостаточно для того, чтобы заставить турецкую эскадру отступить от Очакова в открытое море. Турецкий флот простоял под Очаковым до ноября, поддерживая обороняющиеся крепости, в ожидании, что приближение