Формально речь шла об объединении научной и материальной базы, а также кадрового состава двух учреждений. Но в действительности причина объединения не организационная, а политическая. По существу произошло не слияние двух высших научно-исследовательских центров по вопросам марксоведения и лениноведения, а ликвидация ИМЭ. Прежний институт, которым руководил Рязанов, не мог больше существовать, поскольку, с точки зрения партийных верхов, он был антипартийным центром, под крышей которого сформировалась контрреволюционная группа. Бывший директор ИМЭ обвинялся в том, что он рассматривал ленинизм в отрыве от марксизма, а в практической работе недостаточно связывал теорию Маркса с текущими задачами строительства социализма. Это считалось грубейшей политической ошибкой. Институт Маркса и Энгельса был поглощен Институтом Ленина, получившим статус партийного учреждения, что усиливало контроль со стороны ЦК ВКП(б) и по замыслу являлось гарантией от повторения политических инцидентов. В ИМЭЛ объединения кадров не произошло, так как уникальные специалисты-марксоведы были разогнаны. Преемственность научной работы прервана, опыт и традиции Института, руководимого Рязановым, признаны непригодными.
В 1929 году Институт Ленина заимствовал у ИМЭ кабинетную систему организации научно-исследовательской деятельности. Руководство исходило из того, что «кабинет есть целесообразная и оправдывающая себя форма организации работы» и должен стать «плацдармом, где и другие отделы и их научные сотрудники могли бы с успехом выполнять определенные задания»201. Но после ликвидации ИМЭ В. В. Адоратский пересмотрел принцип структурного деления. Взамен кабинетов были образованы сектора и секции.
Структура Института Маркса-Энгельса-Ленина была подчинена расширенным задачам и выглядела следующим образом: 1. Сектор научной биографии и издания трудов Маркса и Энгельса; 2. Сектор научной биографии Ленина и издания его работ; 3. Сектор марксизма-ленинизма; 4. Сектор истории Коминтерна; 5. Сектор истории ВКП(б); 6. Сектор партийного строительства; 7. Сектор юношеского движения; 8. Сектор научной популяризации; 9. Архив; 10. Библиотека; 11. Музей Маркса-Энгельса-Ленина; 12. Редакционно-издательская часть; 13. Ученый секретариат; 14. Управление делами.
Все научные сектора состояли из секций, образованных по тематическому, хронологическому и иным принципам. ИМЭЛ осуществлял контроль над деятельностью институтов истории партии