Всего за несколько недель до того Пенн намерен был отстаивать каждую букву «Падения дома, воздвигнутого на фундаменте из песка». Он заявлял: «Скорее моя тюрьма станет моей могилой», чем откажется от неё. Но теперь он понял, что буквы его сочинения были не настолько точны и хороши, чтобы класть за них жизнь.
Приведя цитаты из Стилингфлита, Пенн исповедал свою веру в Божественность Христа и сослался на свои же высказывания в «Ложном путеводителе», из которых очевидна его верность этому учению. Он заявил, что квакеры придерживаются веры традиционных христиан, даже если не всегда выражают её привычным для всех образом. А он сам не есть «богохульник, подстрекатель, социнианин, отрицающий божественность Христа Спасителя» («Blasphemer, Seducer, Socinian, denying the Divinity of Christ the Saviour»). Правда, Пенн воспроизвёл некоторые свои аргументы против учения об искуплении (Atonement), но не стал вновь возбуждать вопрос о том, что означает Троица.
Неизвестный квакер (по некоторым предположениям, сам Джордж Фокс) сделал к тексту приписку в конце: «Кровь Христова была пролита за всех людей; и Своею Кровью он избавил нас от несправедливости (by his Blood here deems from iniquity); …ибо Он пришёл, чтобы положить конец греху». Тот же автор исповедал свою веру следующим образом: «И сии Трое в скрижалях Царствия Небесного: Отец, Слово и Дух, кои едины (and there are three that bear record in Heaven, the Father, the Word, and the Spirit, which are one)»147. Исповедание, не совпадающее с принятыми формулами дословно, однако по смыслу, несомненно, исповедание веры в Троицу.
28.07.1669 Карл II заявил, что удовлетворён донесением Э. Стилингфлита и новым сочинением Пенна («Невинность с открытым лицом»), и подписал приказ коменданту Тауэра – Робинсону – о том, чтобы он выдал Пенна на поруки его отцу148. В тот же день Пенн был освобождён.
Отец, сам поселившийся в Ванстеде, уговорил его вернуться в Шангарийский замок. Квакеры дали Пенну миссионерское поручение в те края149. Сочетание деловых и миссионерских целей стало для него с тех пор обычным. В сентябре 1669 г. Пенн выехал в Ирландию.
Через Бристоль Пенн морем добрался до Корка. Посетив через день после приезда в Корк городскую тюрьму, он застал её наполненной квакерами. Многих арестовали по доносам конкурентов по торговле. Пенн созвал в тюремном дворе собрание заключённых квакеров и увещевал их держаться твёрдо.
Он не поехал сразу в Шангарийский замок, а сначала отправился в Дублин. Там тоже созвал митинг квакеров. Вместе составили записку с жалобой на преследования. Эту записку Пенн доставил герцогу Ормонду. Ему помогли Аран и Лэн – товарищи по подавлению мятежа в Каррикфергусе.
Ормонд назначил специального комиссара для расследования квакерских дел. К лету 1670 г. те, кого посадили за одно только инакомыслие, были освобождены.
Только после этого Пенн отправился в Шангарийский замок, где провёл 10 месяцев.
4 января 1670 (по старому стилю ещё 1669) датируется главное антикатолическое сочинение Пенна: «Своевременное предостережение против папства» («A Seasonable Caveat against Popery. Or A Pamphlet, Entituled, An Explanation of the Roman-Catholick Belief, Briefly Examined. By William Penn. Printed in the Year 1670»)150.
Зимой 1669/1670 г., когда Пенн был