Сооружение оборонительной стены на самом первом этапе существования поселения наложило свой отпечаток на его характер, именно оно выделяет это поселение из ряда всех современных ему и известных ныне древних городов региона, придавая ему статус столицы всей северо-западной части Малой Азии. Такое доминирующее положение город сохранял на протяжении многих веков. Дожившие до наших дней немногочисленные остатки этой стены, возведенной в начале истории города, невозможно ни с чем спутать. Стену, стоящую на естественной скале, первым обнаружил Шлиман во время работ в своем гигантском, протянувшемся с севера на юг, раскопе, а Дёрпфельд, несмотря на ее плачевное состояние, смог правильно оценить находку. Он же ее измерил: толщина стены составляла 2,5 метра, а длина сравнительно небольшого участка – примерно 12 метров. Отличительная черта стены – это заметный уклон ее внешней поверхности (в данном случае уклон к югу), и эта черта характерна для всех следующих оборонительных стен вплоть до конца периода Трои VIIa. Прочие участки этой древнейшей стены обследовать не удалось, однако не вызывает сомнений, что она окружала весь город.
Раннее поселение процветало, увеличивалось число его жителей, росла его мощь. В период среднего поселения Трои I пришлось даже значительно увеличить площадь города. Новая, более внушительная крепостная стена была построена в 6 или больше метрах от наружной поверхности старой стены. (Рис. 8.) С южной и восточной сторон крепости ее остатки на каких-то участках были раскопаны археологами, а на каких-то ученые просто отследили ее направление, прорыв к ней специальные шурфы и туннели. Всего было найдено 115 метров стены, причем почти на всем протяжении ее высота по-прежнему составляла 3,5 метра. На этот раз стена была возведена не непосредственно на скальном грунте, а на толстом культурном слое, оставшемся от раннего поселения. Стена была сложена из камня, причем в ее основание были уложены более крупные валуны, а к верхней части размер камней уменьшался. Судя по всему, толщина стены в верхней части составляла более 3 метров. Внешняя поверхность имеет сильный уклон, на участке высотой 1 метр составляющий в разных местах