В 1716 г. Прокопович был вызван Петром в Петербург, где он составлял родословную царя и читал проповеди с разъяснениями государственной политики. В 1718 г. он был назначен епископом Псковским и Нарвским, но находился в основном в Петербурге. С этого времени Феофан стал главным помощником царя в делах церковной реформы и народного просвещения. По поручению Петра он написал «Апостольскую географию», «Краткую книгу для учения отрокам» и другие учебники.
Прокопович составлял или редактировал все важнейшие законодательные акты по делам церкви, им был написан проект Духовного регламента 1721 г. Согласно регламенту, вместо патриаршества учреждалось новое высшее церковное учреждение – Духовная коллегия (позднее Синод{62}). В состав Синода входили архиереи, архимандриты, игумены и протопопы – всего 12 человек. Первым президентом стал Стефан Яворский, вицепрезидентами – Феофан Прокопович и Феодосий Яновский. В качестве советников в Синод были привлечены известные литераторы и проповедники из круга Прокоповича: редактор и переводчик ученых сочинений, «школ и типографий протектор» Гавриил Бужинский, прославленный оратор Феофил Кролик, ректор славяно-латинских школ и духовный писатель Феофилакт Лопатинский и другие (подробнее см., например, [206], [134], [167]).
Феофан Прокопович был приверженцем новой науки, созданной трудами Бэкона и Декарта, и придавал большое значение просвещению. Ему принадлежат знаменитые слова: «Пусть просвещение волнует век». Многие просветительские идеи он воплотил в предписаниях Духовного регламента, касающихся образования священнослужителей. Согласно регламенту, в каждой епархии должны были быть открыты школы при архиерейских домах. Наблюдение за ними поручалось не светским, как в цифирных школах, а духовным властям. Учителями были по большей части местные церковнослужители, иногда выпускники Московской или Киевской духовной академии. Постепенно часть епархиальных школ преобразовалась в духовные семинарии, задачей которых была подготовка квалифицированных священнослужителей. В семинариях изучали курсы церковнославянской грамматики, а также риторики, философии и богословия. Прокопович написал несколько учебных пособий для семинарий. Особенную популярность приобрел его учебник риторики, в нем Прокопович высмеивал ораторские приемы иезуитов, хорошо известные ему по годам учебы в иезуитской школе в Риме. Кроме блестящих проповедей, на которые собиралось множество людей, Прокопович был знаменит также своими богословскими и политическими трактатами.