Усман ибн Аффан происходил из рода Омейи, к которому принадлежали самые непримиримые лидеры мекканских язычников, выступавших против Пророка. Усман, будучи благочестивым мусульманином, не стремился к личному обогащению, но не сумел найти разумного компромисса в отстаивании государственных интересов, с одной стороны, и интересов своих родственников – с другой. А среди них были и такие, которые не имели достаточного религиозного авторитета у мусульман. Назначая их на важные посты, Усман не задумывался о том, что тем самым обесценивает понятие высшей власти, освященной авторитетом Мухаммеда: правитель, не имеющий заслуг перед исламом, не может стоять во главе мусульман. К тому же Усман позволил себе изменить и молитвенный ритуал. Нарушение установленного Пророком было расценено современниками как возвращение к джахилийе. Своими действиями Усман вносил раскол в единство уммы. Все это было расценено как вызов, побуждающий объявить джихад против внутреннего врага. Результатом стало гражданское неповиновение со стороны некоторых наместников. В 655 году волнения были подавлены.
Но недовольство Усманом возрастало. В апреле 656 года из Куфы, Басры и Египта прибыло вооруженное ополчение численностью в пятьсот человек и расположилось лагерем у ворот Медины. С египтянами прибыл Абдаллах ибн Саба, куфийцами руководил Малик ибн ал-Аштар. Усман, при посредничестве Али, вступил в переговоры с мятежниками и пообещал убрать своих ставленников. В то же самое время он в письме к правителю Египта Ибн Абу Сарху предписывал предать бунтовщиков казни, когда они вернутся из Медины. Это письмо было перехвачено, и мятежники потребовали от Усмана добровольного отречения от власти. После десяти недель осады халифского дворца распространился слух, что на помощь Усману идут его войска из Басры и Дамаска. Тогда восставшие ворвались во дворец, и 17 июня 656 года престарелый Усман, склонившийся над Кораном, был убит.
Так сбылось пророчество Мухаммеда об Усмане.
Рядом с халифом до самого конца оставался один Али. Абдаллах ибн Саба предложил избрать Али халифом, и с ним согласились все остальные. Но сподвижники Пророка Тальха и аз-Зубайр, пережидавшие события в Мекке, выступили против. На их стороне была «мать правоверных» Аиша, вдова Пророка и свояченица аз-Зубайра. Отказался признать Али халифом и полководец Саад ибн Абу Ваккас. Наместник Сирии Муавийя обвинил Али в убийстве Усмана.
Свое назначение на должность халифа Усман расценивал как волю Всевышнего, избравшего род Омейи управлять Халифатом. Поэтому Усман не видел ничего плохого в назначениях родственников