Уже после смерти Мазарини де Флери удостоили чести быть представленным королю, который упразднив должность первого министра, начал править страной самостоятельно. Но об аббате, рекомендованном кардиналом, Людовик не забыл и вскоре назначил ему личную аудиенцию. О чем они говорили, не узнал никто, но неожиданно аббат перестал появляться при дворе. По городу поползли слухи, что священник чем-то не угодил королю, и о нем постарались забыть.
Молодой монарх, начавший самостоятельное правление очень нуждался в не амбициозных, не просящих должностей и милостей придворных. А таких почти не было, кроме Эдмунта де Флери, учившего короля интересоваться деталями событий, происхождением процессов, выделяя существенные, основные направления. Людовик оказался способным учеником, быстро воспринимал новое и обладал политическим чутьем, интуицией. Конечно, аббат не единственный, кто помогал королю обрести уверенность в государственных делах, у того имелись преданные, опытные и неглупые вельможи, и он впитывал их советы и ценил работу, не оставляя без наград. А вот де Флери ничего никогда не просил, это вначале настораживало и удивляло, но узнав аббата лучше, Людовик втайне умилялся, что у него есть удивительно бескорыстный подданный, а затем, постепенно привык к врожденной скромности своего советника, тем не менее, заставил его согласиться принимать солидное ежемесячное вознаграждение за важные услуги. Эх, было бы побольше у него таких приближенных, не рвущихся к власти и деньгам! А сам де Флери тратился, в основном, только на редкие книги и старинные рукописи. Личный секретарь короля, регулярно доставляющий ему в Париж (где за государственный счет аббат снимал небольшую, но уютную квартиру), важные бумаги и письменные указания Людовика, сообщал о времени очередной аудиенции. Король в Париже бывал очень редко и встречи с ним происходили то в Лувре, то Тюильри, то в Сен-Жермен-О-л'Э. В этом году Людовик жил в Версале. Он принимал советника обычно во второй половине дня, когда до поздней ночи работал наедине с государственными министрами и секретарями. Де Флери заводили через черный ход, поэтому из сановников его никто не видел и не знал, кроме Жан-Батиста Кольбера, министра и главного интенданта, с которым с подачи короля они иногда встречались и вели долгие беседы, находя взаимопонимание во многих вопросах. Кстати, Кольбера Людовику тоже рекомендовал Мазарини, и это их сближало, особенно, в начале знакомства, когда велась компания по удалению со своего поста обнаглевшего и зажиревшего за государственный счет главного интенданта Фуке. И де Флери и Кольбер, и, особенно, сам король ненавидели этого зарвавшегося вора, который впоследствии был арестован, лишен всех постов, состояния и пожизненно заключен в замок-тюрьму Пиньероль. Именно в тот год