Организация взаимодействия между кригсмарине и люфтваффе была в сложившихся условиях крайне затруднена. Как самостоятельный вид вермахта, военная авиация, командование которой имело большое влияние на Верховное главнокомандование, использовалась в тех районах, где, по мнению последнего, решалась судьба войны. Для военных действий на море авиация выделялась лишь тогда, когда стратегические планы главнокомандования военно-морских сил совпадали с замыслами Верховного главнокомандования. А поскольку последнее всегда рассматривало войну на континенте своим первоочередным делом, кригсмарине неизменно оказывались обделенными. ВМС постоянно привязаны к воде, а авиация нет. Она может нанести удар по любым целям на земле или на воде. Главная ошибка немцев заключалась в том, что на тыловых коммуникациях противника, этой своего рода нервной и кровеносной системе всего его «организма», не было проведено ни одного мощного массированного и сосредоточенного удара силами люфтваффе. Даже в вопросах разведки морских акваторий военно-морские силы зависели от планов и намерений главнокомандующего другим видом вооруженных сил, который осуществлял авторитарное командование своими ВВС, а его отношение к военному флоту было вовсе не благожелательным.
Германский торговый флот
Суда германского торгового флота к началу войны были разбросаны по всем морям и океанам. Каждое судно дальнего плавания имело на борту запечатанный пакет с секретными инструкциями на случай начала военных действий. Эти инструкции в основном сводились к следующему:
1. Сделать все возможное, чтобы достичь одного из портов Германии и доставить туда свой особенно ценный в условиях войны груз.
2. Если противник угрожает судну захватом, оно должно быть потоплено, чтобы не увеличивать силы противника за счет овладения судном и грузом.
3. Если нет другого выхода, укрыться в нейтральной гавани, где ждать окончания войны.
Подавляющее большинство капитанов и команд германских торговых судов выполнили эти инструкция с большим мужеством и пониманием своей ответственности. Большей части находившихся на переходе судов удалось благополучно достичь портов Германии или дружественных ей стран, около 40 пароходов были потоплены своими командами, и только 19 судов попали в начале войны в руки противника.
Торговый флот вполне оправдал возложенные на него надежды. Можно упомянуть о двух характерных случаях: возвращение океанского парохода «Бремен» из Нью-Йорка через русский порт