Принимая во внимание, что при построении справедливой налоговой системы в Российской Федерации должны быть гарантированы и защищены законность и правопорядок, в целях оперативного рассмотрения спорных вопросов, возникающих в процессе налогообложения, и принятия компетентных решений по ним, а также в целях обеспечения рассмотрения указанных вопросов относительно юридических и физических лиц в одной структуре, в концепции Налогового кодекса было предусмотрено введение института налоговых судов. Предполагалось формирование самостоятельной структуры налоговых судов по мере изыскания необходимых для этого источников. В представляемом проекте общей части Налогового кодекса из-за отсутствия финансовых ресурсов для формирования налоговых судов включены налоговые коллегии, подведомственные арбитражным судам.
Налоговый кодекс Российской Федерации в значительной части должен был стать законом прямого действия. Это касается прежде всего обеспечения прав и обязанностей участников налоговых отношений, единства и ясности, с точки зрения терминов и понятий, установления процедур и механизмов исполнения налогового обязательства, проведения налоговых проверок, обжалования решений контролирующих органов.
Допускалось существование подзаконных актов, но издаваться они должны были уполномоченными органами в соответствии с полномочиями, предоставленными им законодательными (представительными) органами власти или органами местного самоуправления. Подзаконные акты должны обеспечивать на основании Налогового кодекса Российской Федерации конкретизированное нормативное регулирование вопросов, отнесенных к ведению уполномоченных органов. При этом было установлено, что нормативные акты, изданные в противоречие с положениями Налогового кодекса, не подлежат применению. Признание нормативного акта налогового органа противоречащим Налоговому кодексу, должно осуществляться вышестоящим налоговым органом, налоговым органом, принявшим этот акт, либо в судебном порядке. Признание иных нормативных актов недействительными должно осуществляться в судебном порядке.
Ожидалось, что Общая часть кодекса, о которой так долго говорили и Правительство и предприниматели, будет рассмотрена в течение ближайших месяцев и введена в действие либо с середины 1996 г., либо с начала 1997 г. Специальную часть, касающуюся конкретных налогов, предполагалось ввести с 1998 г. Однако Общая часть налогового кодекса надолго «завязла» в Думе, а затем была возвращена на доработку, так и не пройдя даже первого чтения.
С весны 1997 г. Первый вице-премьер А. Чубайс предпринял энергичную попытку «пробить» кодекс через Государственную Думу. После пересмотра и внесения многочисленных поправок, 30 апреля 1997 г., проект правительственного налогового кодекса (законопроект № 97031410-2), насчитывающий более 600 страниц, 1147 статей (и Общая, и Специальная части) повторно был внесен в Думу.
Дума