В 1900 году выходит фундаментальная работа Фрейда «Толкование сновидений». В этом исследовании Фрейд показывает, каким образом бессознательные желания всплывают на поверхность сознания. Стремление к прямому выражению этих желаний создает ситуацию конфликта с реальной оценкой действительности и взглядами индивида. Этот конфликт между инстинктивными устремлениями, с одной стороны, и защитными или репрессивными силами, с другой, приводит, в конечном итоге, к компромиссным попыткам достичь осуществления бессознательно желаемого в завуалированной форме. Таким образом, манифестное содержание сновидения можно считать «отцензурированным» или завуалированным осуществлением бессознательного желания.
На этом этапе, как и в первый период своей деятельности, Фрейд придерживался взгляда, что существует часть разума (mind), «ментальный аппарат», которая составляет сознательную его часть, равно как существует и другая его часть, представляющая бессознательное начало. В связи с этим Фрейд различает два вида бессознательности. Один из них, представленный системой «Бессознательное», содержит инстинктивные влечения и желания. Последние, в случае возникающей возможности выхода в сознание, могут создавать опасность, угрозу и вызывать беспокойство и другие неприятные чувства. Влечения в Бессознательном, по мнению Фрейда, устремлены к разрядке, но могут найти свое выражение лишь в искаженной или отцензурированной форме. Другой вид бессознательности представлен системой «Предсознательное», которая содержит знание и мысли, находящиеся вне сознания, но не испытывающие давления со стороны контрсил, что имеет место в системе «Бессознательное». Ментальное содержание Предсознательного в соответствующие моменты может проникать в сознание и утилизироваться индивидом не только для рациональных целей, но и для обслуживания желаний из Бессознательного, в попытках последних обеспечить себе выход и сознание. Модель ментального аппарата, разработанная на втором этапе, получила известность как «(топографическая», а Предсознательная система рассматривалась в тот момент, как лежащая между Бессознательным и сознанием (при этом последнее играет роль качества системы «Сознательное»).
Фрейд считал инстинктивные стремления разновидностью «энергии», которой могут снабжаться различные ментальные содержания. (В английских и русских переводах Фрейда немецкое