Отец Алексий стал свидетелем начала крестного мученического пути Царской Семьи во время ее пребывания в Царском Селе после ареста. Он видел, с какой кротостью и смирением переносили Царственные Мученики все страдания и унижения от взбесившейся разнузданной солдатни; с какой покорностью, всецело предав себя в волю Божию, усердно молились они Господу о спасении России.
В такие минуты сердце молодого пастыря воистину обливалось кровью.
До конца дней своих хранил отец Алексий Кибардин светлые воспоминания об Августейшей Семье, а в ту пору он старался сделать все возможное, чтобы облегчить участь Царственных Мучеников, томившихся под арестом в Александровском дворце Царского Села. Впоследствии Государыня Императрица Александра Феодоровна в своих письмах из Тобольска неоднократно передавала отцу Алексию сердечные приветы.
С 24 октября 1916 года настоятелем Феодоровского Государева собора стал протоиерей Афанасий Беляев, благочинный Царскосельского округа Петроградской епархии30. Он же был руководителем братства во имя Пресвятой Богородицы. Это был ревностный пастырь, крепко державшийся святоотеческих традиций и учения Матери Церкви. С отцом Алексием Кибардиным они были хорошо знакомы и состояли в полном единомыслии. В первые годы большевистского правления эти два пастыря дали решительный отпор обновленцам, и церковная жизнь в Царском Селе не была нарушена теми нестроениями, которые происходили в Петрограде. В ту тяжелую пору в Феодоровский Государев собор потянулись очень многие верующие из северной столицы и вошли в число его постоянных прихожан.
С 1922 года отец Алексий Кибардин, возведенный в сан протоиерея будущим священномучеником митрополитом Петроградским Вениамином (Казанским), становится настоятелем собора31. Его проникновенное служение и светлые проповеди привлекали все больше и больше истинно верующих людей не только из Царского Села, но и из Петрограда. Всеми силами старался новый настоятель Феодоровского Государева собора передать своим прихожанам дух чистоты подлинного Православия. В праздничные дни в соборе часто устраивались торжественные архиерейские богослужения, в которых любил участвовать будущий священномученик епископ Шлиссельбургский Григорий (Лебедев).
В целом же служение отца Алексия было нелегким – случались столкновения с властями, которые, по милости Божией, удачно заканчивались для стойкого пастыря. Дважды собор подвергался ограблениям, по-видимому, также не без ведома властей.
В 1927 году, после выхода в свет Декларации митрополита Сергия, положение протоиерея Алексия еще более осложнилось. Благоговейное почитание светлой памяти Царственных Мучеников было неотъемлемой частью его существования.