В 1889 году санитарная комиссия представила проект приспособления кордегардии под аналитическую станцию. Он не затрагивал фасадов здания и практически не изменял его планировку. Тем не менее, техническая комиссия сочла, что проект дорог, и потребовала ликвидировать портик на колоннах и террасу, а на ее месте устроить плитный тротуар. На заседании Городской думы 3 октября 1890 года техническая комиссия (без каких-либо экспертиз!) получила указание на то, что при устройстве аналитической станции в здании бывшей Гауптвахты на Сенной площади «не следует уничтожать портика как принадлежности здания, имеющего историческое значение».
Станция была открыта 17 ноября 1891 года. «Нижний этаж занят под лабораторию, верхний – квартирою старшего лаборанта. Лаборатория состоит из прихожей, довольно обширной рабочей залы для весовых и микроскопических исследований и небольшой так называемой сероводородной комнаты». При этом внешний вид здания остался без изменений.
В 1898 году под квартиры для работников аналитической станции перестроили помещения важни.
В 1890-х годах на пятиугольном участке в углу Сенной площади у Спасского переулка кроме здания бывшей кордегардии, а теперь аналитической станции, находились «одноэтажный каменный ретирадник (туалет. – Прим. авт.), бетонный, крытый землей ледник, деревянный сарай для дров для отопления ретирадника».
В 1910 году В. Курбатов писал: «Городской Думе принадлежит неплохая постройка – бывшая Гауптвахта на Сенной площади. Здание не первоклассное, но приятное по стилю. В то время как церковь, стоящая по другую сторону улицы, убрала тамбур, портивший фасад, лаборатория обезобразила свой фасад колоссальной и совершенно ненужной вывеской, закрывшей фасад с метопами триглифами» (декоративные архитектурные детали греческого происхождения, характерные для стиля классицизм, располагаются под карнизом здания. Триглиф – прямоугольная накладная каменная пластина, разделенная тремя вертикальными прорезями. Метопа – пространство между триглифами, заполненное скульптурными изображениями. – Прим. авт.). Ситуация узнаваемая – время проходит, а люди не меняются.
После революции здание некоторое время пустовало, потом в нем был устроен магазин. В 1960-е годы там находился городской автовокзал. После строительства нового автовокзала на набережной Обводного канала в здании поселился серпентарий городского зоопарка. В настоящее время в бывшей Гауптвахте размещается Городской информационный центр.
Составитель исторической справки о кордегардии архитектор В. А. Лейбзон отмечал, что время постройки Гауптвахты приходится на период, когда «Карло Росси лишь начинает свою деятельность», иныеми словами, исследователь не обнаружил влияния великого зодчего на автора этой постройки.