В 1685 г. этот сад перестроен. Он назывался Новым Верховым каменным садом и помещался на каменных сводах. На покрытие площади для сада вышло около 640 пудов свинца, из которого водовзводного дела мастер Галактион Никитин лил доски, покрывал ими своды и прочно их запаивал. В апреле в это свинцовое вместилище наносили хорошо просеянной земли, глубиною на аршин с четвертью, для рассадки растений; сделали гряды и ящики для цветов; огородили весь сад решеткою с балясами и с прорезною дверью и расписали ее черленью (красною краскою). В 1687 г. сюда была проведена вода по свинцовым трубам и водовзводным ларям и устроен прудок. В это время в саду росли уже царьградский орех, грецкие орехи и кусты сереборинников114. К зиме их закрывали рядными рогожами и войлоками; орехи сидели в отрубах, или грунтах. Позже этот Красный Верхний сад принадлежал царевичу Алексею Петровичу, который жил здесь же, в отцовских хоромах.
Вообще, все верховые сады были разбиты на несколько цветников и гряд, между которыми шли дорожки для прогулок, обложенные не дерном, а досками, так что цветники и гряды находились, собственно, в ящиках. Кроме того, дорожки между кустами отделялись столбиками, в которые утверждены были грядки, то есть жерди, раскрашенные, вместе со столбиками, разными красками. Черная земля во все сады привозилась из замоскворецких Берсеневских садов и даже с мостов, то есть с деревянных бревенчатых мостовых тогдашних московских улиц, которые вообще изобиловали грязью и доставляли отличный чернозем. Из цветов здесь росли пионы махроватые и семенные, коруны, тюльпаны, лилии белые и желтые, нарчица белая, розы алые, цветы венцы, мымрис, орлик, гвоздика душистая и репейчатая, филорожи, касатис, калуфер, девичья красота, рута, фиалки лазоревые и желтые, пижма, иссоп и разные другие, которые росли не только в кремлевских, но и в загородных царских садах.
В летнее время во всех верховых садах висели клетки с канарейками, рокетками, соловьями и даже попугаями. Но любимая нашими предками и преимущественно садовая птица была пелепелка (перепелка). В 1867 г., при царе Алексее Михайловиче, в комнатном саду висело несколько клеток с пелепелками; сетки у этих клеток были шелковые. Такие же пелепелочные клетки висели и в Набережных садах.
Набережные сады были устроены наверху особых каменных двухэтажных зданий, стоявших на самом откосе Кремлевской береговой горы и опускавшихся своими фасадами на уровень Кремлевского Подола. Местность была очень привлекательная по широте обзора