Затем перестроена была церковь Рождества Богородицы. К ней приделали новую трапезу; собрали с нее главы и по сводам выверстали площадь наравне с площадью, которая находилась у терема под новыми хоромами; на этой площади, устроенной таким образом над церковью и над трапезой, построили новый пятиглавый храм, во имя Сошествия Св. Духа, с небольшим приделом с северной стороны. В 1679 г. государь перестроил также церковь Похвалы Богородицы на новом Потешном дворе, здание которого, сохранившееся доныне, было построено в это же время.
Из больших палат в 1681 г. были перестроены две Набережные, Ответная и Панихидная. Столовая изба и при ней сад, между Средней Золотой и алтарями Спасо-Преображенского собора, были разобраны и на их месте выровнена площадь. Столовая была перенесена в возобновленную Панихидную палату, которая и именовалась с этого времени Столовою. Между церковью Иоанна Предтечи и Колымажными дворцовыми воротами в двух палатах, где были Резные и Столярные палаты, перенесенные в другое место, помещена царская Аптека.
После смерти Федора Алексеевича, в ноябре 26-го числа 1682 г, сгорела часть обновленного им дворца, примыкавшая ко двору патриарха: деревянные хоромы царя Петра Алексеевича и хоромы царевен; Успенский собор, на котором сгорела кровля и в главах оконницы, так что все значительные иконы и мощи чудотворцев вынесены были в это время в Архангельский собор. В 1683 г. на месте погоревших хором для царя Петра и его матери, царицы Натальи Кирилловны, были выстроены деревянные хоромы, а для царевен Софьи, Екатерины, Федосьи и др., живших после пожара на Потешном дворе,– каменные палаты о трех житьях, т. е. этажах, из которых в нижнем была устроена комната, где сидеть с бояры – слушать всяких дел: явление, по тому времени не совсем обыкновенное на женской половине царского дворца, и особенно на половине царевен, но весьма понятное, если мы скажем, что эта думная комната устроена была по назначению царевны Софьи Алексеевны. В одно время с этими палатами, в 1684 г., построена на Кормовом дворце, возле новых хором царя Петра и его Верхнего Красного сада, новая церковь – во имя св. апостолов Петра и Павла, тезоименитых царю. В июне того же года велено было написать в эту церковь местные пророческие и праотеческие иконы и сделать иконостас, позолотив его сусальным золотом.
А. Васнецов. Расцвет Кремля. Всехсвятский мост и Кремль в конце XVII в.
В 1682 г. на площадке между теремами и церковью Сошествия Св. Духа выстроены для царей