Опустошение, произведенное этим пожаром, долго было ощутимо. В несколько часов Москва превратилась в огромное пепелище; жители остались без имущества, без крова; более двухсот человек погибло в пламени. При таких обстоятельствах великому князю вовсе нельзя было думать о сооружении нового каменного дворца: нужно было прежде всего обстроить город, помочь его жителям, которые все, более или менее, пострадали от пожара... Точно так и было. Летописи этого времени не говорят ни о каких значительных постройках, ни в самом Кремле, ни на дворе великого князя. Напротив, находим в них известие только о распоряжениях великого князя, касавшихся городского благоустройства. Еще после пожара, случившегося в Кремле в этот же 1493 год весною, великий князь велел очистить от строений и церквей Занеглименье, близость деревянных построек которого всегда угрожала Кремлю, и на этот раз, вероятно, была причиной его опустошения. Несмотря на жалобы и неудовольствия некоторых лиц, все хоромы и церкви были отнесены от Кремлевской стены на расстояние ста десяти сажен. После июльского пожара, который начался за Москвою-рекою, великий князь также велел очистить от строений часть Замоскворечья, лежавшую против Кремля, и в 1495 г. развел там сад, называвшийся в XVII ст. государевым Красным садом и Царицыным лугом.
К сооружению каменного дворца приступили не прежде как через шесть лет после описанного пожара. В1499 г. великий князь на старом месте снова заложил «двор свой камен, полаты каменныя и кирпичныя, а под ними погреби и ледники, да и стену каменную от двора до Боровицких ворот». Постройка была поручена новому итальянскому зодчему, «Фрязину Алевизу, от града Медиолама». Но великий князь не дождался окончания возведения этих палат: в 1505 г. он умер. Дворец был готов через три года после его смерти, и в мае 1508 г. его сын Василий57 переехал жить в эти новые хоромы. Достойный преемник всех начинаний своего отца, особенно в отношении новых построек, великий князь Василий Иванович, довершив неоконченный дворец, великолепно украсил его вместе с церковью Благовещения-на-Сенях, которую
«повелел (в 1508 г.) подписати золотом, иконы все: Деисис, праздники и пророки, обложите серебром и златом и бисером., и верх церковный покрыть и позлатить».
Сверх того, он воздвиг на старых местах две новые каменные церкви: одну, в 1514 г.,– во имя Рождества Богородицы-на-Сенях, с приделом св. Лазаря, и другую, в 1527 г., во имя Спасова Преображения, на дворце, т. е. посреди своего двора, также с приделами. В 1516 г. великий князь, распространяя хозяйственные постройки, выкопал по течению Неглинной, за Боровицкими воротами, пруды и поставил каменную мельницу.
Расположение каменного дворца весьма трудно определить с достаточной точностью.