Переплавка и распределение сокровищ Куско проводилась даже с еще большими предосторожностями, чем в Кахамарке. Рафаэль Лоредо нашел 90 документальных страниц, на которых был описан весь процесс, включавший в себя 22 ступени различных действий. Предметы из драгоценных металлов складывали в большой сарай, находившийся рядом с жильем Писарро, и каждый предмет записывался в реестр казначеем Диего де Нарваэсом. Сначала Писарро приказал начать переплавку под руководством Херонимо де Альяги 15 декабря 1533 года, а в течение последующих недель он издал много указов о приведении к присяге людей, которые были вовлечены в этот процесс, о взвешивании драгоценных металлов и проведении раздельной переплавки серебра низкого качества, серебра высокого качества и золота. Королевский казначей Алонсо Рикельме с казенными клеймами все еще находился в Хаухе. Поэтому 25 февраля 1534 года Писарро пришлось дать разрешение на изготовление новых клейм с королевским гербом. Они должны были храниться в сундуке под двумя замками, но конкистадорам пришлось довольствоваться одним замком, так как «в настоящий момент невозможно раздобыть сундук с двумя замками». Второго марта глашатай Хуан Гарсия был послан, чтобы призвать всех, у кого еще было серебро, нести его на переплавку.
Франсиско Писарро и Висенте де Вальверде распределяли серебро по своему усмотрению согласно достоинствам каждого конкретного солдата, причем дополнительную половину доли получали наиболее отличившиеся всадники. А между 16 и 19 марта сам Франсиско Писарро распределял золото, в общем, в тех же пропорциях, что и серебро. Помимо испанцев, находившихся в Куско, определенные доли были выделены и тем, кто остался в Хаухе или уехал назад, в Сан-Мигель, с Себастьяном Беналькасаром или погиб на Вилькаконге. По грубым прикидкам, золота в Куско оказалось вполовину меньше, чем получилось в Кахамарке, ведь значительная часть золота Куско была перевезена в Кахамарку для выкупа Атауальпы, зато серебра – в четыре раза больше. На самом деле в денежном выражении ценность переплавленных в Куско металлов была несколько выше. Франсиско Писарро получил просто долю, «причитающуюся ему, двум лошадям, переводчикам и его пажу Педро Писарро». У него хранилась доля его партнера Диего де Альмагро, который во время этих двух дележек получил больше, чем кто-либо другой.