Этот торг по поводу престолонаследия показал, как низко пало величие Инки после начала гражданской войны и после всех унижений Атауальпы. Как только положение Инки потеряло свой престиж, то же самое произошло и со всей правящей кастой Перу. Другой разрушительной тенденцией стало понижение роли Куско и возрождение региональных центров и племенных столиц. В империи инков главенствующее положение занимало одно племя, один город и одна правящая династия. Поэтому Куско стал духовным и административным центром империи, какими в свое время были Рим и Византия. Здесь находилась роскошная резиденция каждого приходящего к власти Инки, пантеон мумифицированных правителей, огромная центральная площадь для церемоний, двор, посещаемый представителями всех ассимилированных племен, и административные советы при дворе Инки. Язык инков, кечуа, был обязательным для всех в империи и оказался самым долговечным наследием инков: в настоящее время более половины населения Перу говорит на нем как на родном языке.
Куско занимал главенствующее положение и как религиозный центр империи. Здесь располагались главные храмы официального бога-создателя Виракочи, а также храмы Солнца и Луны, поклонение которым инки пытались внедрить вместо почитания отдельных племенных божеств. Анимизм, существовавший до культа Солнца, все еще сохранялся: по всей долине Куско были разбросаны бесчисленные храмы и святыни вроде скал, источников, пещер и деревьев. К ним относились горы Уанакаури и Кенко и пещера Тамбо-Токо в Пакаритамбо. В настоящее время установлена связь всех этих святынь с легендой о том, как предок инков Манко-Капак овладел Куско. Инки проявили искусство и такт при обращении с божествами покоренных племен. Священные предметы и изображения богов, которые можно было перенести, удостоились чести быть перевезенными в Куско вместе со жрецами, которые им служили. Оказавшись там, они стали заложниками традиционного поведения своих племен. В Куско сфокусировались многие религиозные церемонии, которыми был заполнен календарь инков. В начале сезона дождей в декабре праздновалась церемония Капак-Райми, на время которой чужестранцы должны были покинуть Куско, пока подростки из семей знатных инков проходили обряд совершеннолетия. В мае отмечался