Наблюдается отсутствие должной координации, взаимосвязи мероприятий, затрагивающих различные аспекты и сферы сотрудничества в рамках ЕврАзЭС. Отсутствует взаимоувязка между формированием Таможенного союза и другими направлениями интеграции, хотя в официальных документах она и декларируется. (Например, решение проблем транспортных тарифов при взаимных перевозках.) Временные рамки реализации тех или иных мероприятий нередко устанавливаются без учета конкретных условий и фактических возможностей стран-участниц, что ведет к их невыполнению и, как следствие, дискредитирует саму идею интеграции. Вместе с тем системе принятия решений в ЕврАзЭС не хватает динамизма. Формальный регламент обсуждения самого бесспорного вопроса в ЕврАзЭС – полтора года, а если споры есть, процесс принятия решения может значительно затянуться.
Рассмотренные выше трудности и проблемы в развитии взаимодействия в рамках ЕврАзЭС не означают, что данный интеграционный проект обречен на неудачу. Несмотря на многочисленные проблемы, Сообщество является важным фактором развития стран-участниц (прежде всего центральноазиатских государств и России), укрепления их национальной безопасности и развития взаимовыгодного сотрудничества в экономике и других сферах.
Одним из главных факторов развития ЕврАзЭС является позиция России. В силу своих размеров Россия может получить от создания Сообщества в относительном выражении меньше, чем другие страны-участницы. На долю государств Сообщества в 2008 г. приходилось всего около 10 % внешней торговли РФ.
Вместе с тем существуют реальные экономические интересы России, которые в основном связаны с расширением сотрудничества с Казахстаном и Белоруссией в сфере энергетики, промышленности, транспорта и коммуникаций, а также космоса. Причем экономическое сотрудничество с Казахстаном особенно важно для сибирских, уральских и поволжских регионов России. Важное значение имеет то обстоятельство, что режим таможенного союза и создаваемого единого экономического пространства будет способствовать приходу российских компаний в страны Сообщества и созданию транснациональных компаний, но пока этому препятствует, в частности, высокая доля государства в экономике Белоруссии и иностранных компаний в ключевых отраслях Казахстана.
Для России в настоящее время, и особенно в будущем, большое значение имеет привлечение из стран Сообщества рабочей силы. Однако неконтролируемый приток мигрантов создает напряженность на региональных рынках труда, обостряет криминогенную ситуацию и тем самым вынуждает федеральные и региональные власти ужесточать контроль за въездом и деятельностью