В годы, когда Кеннон стал студентом в Гарварде, Джемс со все меньшим энтузиазмом относился к психологии, увлекшись философскими проблемами. Влияние блестящих лекций Джемса на молодого Кеннона было столь значительным, что студент решил посвятить себя философии. Он вспоминал, как однажды, сопровождая возвращавшегося домой Джемса, советовался с ним по этому поводу. Однако профессор порекомендовал ему «наполнить свои паруса другим ветром». Кеннон последовал этому совету и отправился к профессору физиологии Генри Боудичу. Под его руководством он проработал много лет и впоследствии сменил его на посту заведующего лаборатории физиологии Гарвардской медицинской школы.
В этой лаборатории Кеннон проработал несколько десятилетий и выполнил свои новаторские исследования, снискавшие ему всемирную известность. Спектр его научных интересов был чрезвычайно широк, и на протяжении своей карьеры он обращался к нескольким, казалось бы, независимым темам, которые на самом деле были объединены общей логикой научного исследования. Первые работы Кеннона были сугубо физиологическими. Они были посвящены двигательной функции пищеварительного тракта, и почти невозможно усмотреть их связь с психологической проблематикой. В то же время сам исследователь в своей научной автобиографии отмечал: «Ранние наблюдения над моторной деятельностью пищеварительного тракта обнаружили его заметную чувствительность к эмоциональному возбуждению. Приостановка этой деятельности при возбуждении привела к изучению других телесных изменений, связанных с сильными эмоциями».
Всю профессиональную жизнь ученый провел в своей экспериментальной лаборатории
В ту пору (10-е гг. ХХ в.) самой влиятельной теорией эмоций была теория Джемса-Ланге, трактовавшая эмоциональное переживание как отражение соматических изменений. «Я совершенно не могут представить себе, что за эмоция страха останется в нашем сознании, если устранить из него чувства, связанные с сильным сердцебиением, коротким дыханием, дрожью губ, с расслаблением членов и с возбуждениями во внутренностях», – писал Джемс. Кеннон, ученик Джемса, конечно же, был хорошо знаком с этой теорией. В то же время он отдавал себе отчет, что эта теория не имела никакой опоры к экспериментально проверяемых физиологических фактах. Ее авторы соотносили свои предположения с воображаемыми, а не реальными экспериментами.