Детство Локка прошло в Пенсфорде, рыночном городе к югу от Бристоля. Он рос в доме, построенном в эпоху Тюдоров, наполовину деревянном. Благодаря родителям рано выучился читать, а знакомства отца позволяли ему получать новые книги.
Решающую роль в судьбе мальчика сыграли связи, приобретенные отцом во время гражданской службы. Он поддерживал переписку со своим бывшим командиром, членом парламента Александром Попамом, который и помог устроить юного Джона в Вестминстерскую школу, существовавшую прямо при парламенте. Джон изучал языки и одновременно знакомился с ходом дебатов. Будучи одним из лучших учеников, он потом опять же на средства Попама был зачислен в Оксфордский университет. Деканом колледжа Крайст-Черч, где ему предстояло учиться, был Джон Оуэн, крупнейший богослов пуританского протестантизма. Оуэн, суровый и почти фанатичный, думал больше о реформе Церкви, нежели об изменении учебных программ, и хотя молодой Локк был пленен его остроумием и красноречием, подход к обучению в колледже вызывал его раздражение. Он не понимал, зачем нужно было писать столько книг, где дурно пересказывались одни и те же тезисы.
Джону Локку помог его товарищ по Вестминстерской школе Ричард Лоуэр, учившийся на медика. Он был знатоком и пропагандистом трудов Декарта, экспериментальной медицины, не преклонялся перед авторитетами, но требовал изучать природу таковой, какова она есть. В 1660 году было создано Лондонское королевское общество, которое не зависело от университетов и стало центром экспериментов в области медицины, физики, химии, оптики. Лоуэр поставил целью стать его членом и добился своего. Дружба Локка и Лоуэра была крепкой, благодаря своему другу начинающий философ зачитывался новой философией и знал основные труды Декарта почти наизусть.
Хотя Локк в 1658 году стал магистром философии, он не оставлял занятий медициной и в 1675 году получил второй диплом, медицинский. Готовя диссертацию по этой науке, он общался с ведущими учеными своего времени, такими как Роберт Бойль и Роберт Гук. Благодаря им Локк понял, что мир – это не совокупность готовых вещей, есть еще и микромир, в который мы можем проникнуть лишь с помощью приборов, есть сложные физические взаимодействия, химические реакции, множество факторов, влияющих на состояние материи. Нельзя объяснять явления небольшим числом принципов, на самом деле механика природы сложнее и требует пытливости, а не только знаний. Он начал разочаровываться в Декарте: великий француз объяснял работу человеческого организма отчасти по образцу механизма, но успехи химии и физики не позволяли считать глаз или желудок механизмом, пусть даже сложным. Спор с Декартом – такая же магистральная мысль Локка, как и его дискуссия с устаревшей университетской схоластикой – он никак не мог согласиться с мыслью Декарта о собственном содержании нашего ума. Ведь наш ум – это тоже явление, тоже событие природы, и его опыт – продолжение той жизни, которой живет мир. Если мы допускаем особое содержание разума, то мы просто умножаем сущности, прибавляя к поведению вещей еще и неизбежное поведение наших мыслей.
В 1666 году, как раз в тот год, когда Ньютон, уехавший из Кембриджа из страха перед чумой, увидел падающее яблоко и написал свой первый трактат по физике, Локк познакомился с лордом Энтони Эшли Купером, 1-ым графом Шефтсбери. Больше знаменит его внук, 3-ий граф Шефтсбери, основоположник современной эстетики, переосмысливший такие понятия искусства, как «гений», «вкус» и «возвышенное». Но дед был не менее известным человеком – видный политик, выдающийся экономист своего времени, глава казначейства. В Оксфорд граф приехал в надежде вылечиться от хронического заболевания, и врачи ему помогли. А также рекомендовали Локка как энергичного и трудолюбивого, который сможет все время консультировать графа и следить за его здоровьем.
Локк переехал в лондонский дом графа, где жил безбедно, имел возможность общаться как с высшим светом, так и с близкими ко двору учеными. Он поступил в ученики к Томасу Сиденхему, одному из основоположников неврологии и диетологии, описавшему пляску святого Витта и научившемуся лечить подагру. Правда, этот «отец английской медицины», будучи суровым пуританином, не любил новые изобретения, отвергал микроскоп, считая, что важнее ощупывать организм, чем рассматривать микроорганизмы. Но при этом Сиденхем повлиял на философию Локка, в частности, в понимании воздействий на организм как оставляющих одновременно следы и впечатления.
Когда граф Шефтсбери слег из-за инфекции печени, Локк обежал всех лондонских врачей и собрал консилиум, что было не совсем обычно в то время. Он красноречиво убеждал докторов вспомнить все их искусство и найти выход. В конце концов группа врачей решилась на рискованную операцию, которая прошла успешно. После этого граф советовался с Локком и по всем политическим вопросам.
В Лондоне он также поработал несколько лет в совете по торговле и плантациям фактически как главный специалист колониального министерства, делая расчеты, будет ли колебаться цена на ввозимые