Процесс заселения Сахалина активизировался во второй половине XIX в. Полноценно освоение острова началось только тогда, когда в 1855 г. между Россией и Японией был подписан так называемый Симодский протокол[70]. В нем говорилось: «Отныне границы между Россией и Японией будут проходить между островами Итурупом и Урупом. Весь остров Итуруп принадлежит Японии, а весь остров Уруп и прочие Курильские острова к северу составляют владение России. Что касается острова Крафто (Сахалина), то он остается неразделенным между Россией и Японией, как было до сего времени»[71].
Как пишет в своих исследованиях А. А. Ипатьева, Симодским протоколом остались тогда недовольны как Япония, так и Россия. Спор о принадлежности указанных в нем территорий затянулся на 20 лет. Поставить точку в этом споре помогла поправка к протоколу. В результате усилий дипломатов в 1875 г. в Санкт-Петербурге она была принята двумя сторонами, благодаря чему Сахалин полностью вошел в состав Российской империи[72]. Из-за территориальной неопределенности долгое время не получалось начать полноценную работу православной миссии на острове, хотя «высокие задачи религиозного просвещения иноверных и государственная заинтересованность в их эффективной реализации были объединены…»[73].
На спорных территориях всегда было сложно осуществлять организацию не только общественной, но и церковной жизни. Например, в начале XVIII в. в работе Китайской миссии возникли затруднения из-за принятого Нерчинского договора, заключенного между Россией и Китаем. В это время исследователи наблюдали ослабление в целом Забайкальской духовной миссии[74].
Необходимо отметить и еще одно важное обстоятельство, возникающее в процессе территориальных споров. В епархиальных отчетах этого периода (середина XIX в.) прослеживается мысль о возможности военных действий. Так, в целях безопасности миссионеру Курильского отдела Новоархангельского духовного правления было направлено предписание, в котором он должен был воздержаться в течение года от длительных поездок по островам в связи с «военными обстоятельствами»[75].
«Военные обстоятельства», которые могли возникнуть из-за спорных территорий ряда районов Камчатской епархии, налагали отпечаток и на пастырскую жизнь ее епископов. В документах об учреждении на берегах реки Амур особого миссионерского стана «для гиляк» приводятся донесения Иннокентия