Война началась в ночь на 12 июня. К этому времени 320-тысячная русская армия сосредоточилась в западных губерниях. Первый эшелон Великой армии Наполеона насчитывал 448 тысяч солдат, и общее численное превосходство французов было не столь велико, как считалось до недавнего времени. Однако Наполеон имел подавляющий перевес на главном, вильненском направлении.
Началось отступление армий Барклая и Багратиона. Они отступали в полном порядке, умело ведя арьергардные бои, задерживая противника на переправах, нанося ему внезапные удары. 22 июля обе армии соединились у Смоленска. Иначе складывались дела у французов. Преследование длилось всего месяц, больших боев не было, а из строя выбыло свыше трети всего состава. Отставшие, больные, дезертиры заполнили города и села Белоруссии и Литвы. Значительная часть лошадей пала от бескормицы, французам приходилось спешивать конные части.
Барклай считал необходимым отступать и дальше. Ведь с каждой верстой к востоку силы французов должны были таять, а силы русских возрастать. Когда же перевес перейдет на сторону России – Великой армии и Наполеону наступит конец. Однако этого расчета не хотели понять ни армия, ни общество, ни император, требовавшие битвы во что бы то ни стало. Военного министра обвиняли в нерешительности, малодушии, государственной измене. Полководец стоически переносил оскорбления. Спасение возненавидевшей его армии стало единственной его целью, ей принес он в жертву свое самолюбие, свою репутацию.
Уступая голосу армии и страны, Александр I назначил главнокомандующим Кутузова, прибытие которого к армии 17 августа вызвало всеобщий энтузиазм. М.И. Кутузов продолжил отступление, но войскам отступать с ним казалось легче, нежели с Барклаем.
Накануне Бородинского сражения Барклай и генерал Кутайсов, начальник артиллерии 1-й армии, провели ночь в крестьянской избе. Михаил Богданович всю ночь писал и задремал только перед рассветом, запечатав написанное в конверт и спрятав его в карман сюртука. На восходе солнца, с первым выстрелом генерал Барклай в полной парадной форме, при орденах и шляпе с черным пером стоял со своим штабом на батарее позади деревни Бородино. По воспоминаниям современников, он явно искал смерти. Видя героизм и самоотверженность генерала, солдаты, отзывавшиеся о нем не очень лестно до Бородинского сражения, восторженно приветствовали его.
В сентябре 1812 года Михаил Богданович Барклай де Толли по болезни покинул армию и проживал в своем имении Бекгоф до выздоровления. В 1813